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En août 2019, un homme d’une soixantaine d’années est décédé au CHU de Limoges d’une encéphalite (inflammation aigüe du cerveau) d’origine inconnue. Une collaboration entre le CHU de Limoges, et les hôpitaux universitaires parisiens de la Pitié-Salpêtrière et Necker-Enfants malades, ainsi que l’Institut Pasteur, a permis l’identification de la cause de ce décès.

La cause de décès identifiée grâce à une technique spécifique

Cette découverte a eu lieu grâce à une technique de découverte de pathogènes, basée sur le séquençage des acides nucléiques d’un prélèvement et l’analyse informatique. Cette technique est utilisée en routine par le laboratoire de Découverte de pathogènes de l’Institut Pasteur dans une collaboration avec le laboratoire de Microbiologie de l’hôpital Necker-Enfants malades (Paris). Un virus de chauve-souris appelé EBL1a (European Bat Lyssavirus), proche du virus de la rage, a été identifié dans son cerveau puis confirmé par des techniques complémentaires au CNR Rage de l’Institut Pasteur.

L’importance d’un suivi en cas de morsure par une chauve-souris

C’est la première fois qu’un cas est identifié chez l’homme en Europe occidentale. Ce virus est fréquent chez les chauves-souris insectivores comme les sérotines. Le seul cas humain antérieur a été identifié il y a 35 ans en Russie. La contamination pourrait résulter d’une manipulation de chauve-souris de la colonie présente dans son grenier. Ce cas renforce la recommandation de ne pas toucher une chauve-souris à terre, et, en cas de morsure, de se rendre immédiatement dans un centre antirabique où un traitement sera mis en place, efficace s’il est très précoce.

Au plan virologique, ce cas démontre la puissance des techniques de séquençage profond dans l’identification de pathogènes.


Source :

First case of lethal encephalitis in Western Europe due to European bat lyssavirus type 1, clinical infectious diseases, 15 mai 2020

Béatrice Regnault1,2, Bruno Evrard3,4, Isabelle Plu5,6, Laurent Dacheux7, Eric Troadec1,2 , Pascal Cozette7, Delphine Chrétien1,2, Mathilde Duchesne8, Jean-Michel Vallat9, Anne Jamet10, Marianne Leruez10, Philippe Pérot1,2, Hervé Bourhy7, Marc Eloit1,2,11*, Danielle Seilhean5,7*

1 Pathogen Discovery Laboratory, Institut Pasteur, Paris, France

2 The OIE Collaborating Center for the detection and identification in humans of emerging animal pathogens, Institut Pasteur, Paris, France)

3 Medical-Surgical Intensive Care Unit, Dupuytren University Hospital, Limoges, France

4 Inserm CIC 1435 and UMR 1092, Dupuytren Teaching Hospital, Limoges, France

5 Sorbonne Université, Brain Institute (ICM; INSERM, UMRS 1127; CNRS, UMR 7225), Paris, France

6 Département de Neuropathologie Raymond Escourolle, AP-HP-Sorbonne, Groupe Hospitalier Pitié-Salpêtrière, Paris, France

7 Lyssavirus Epidemiology and Neuropathology Unit, National Reference Centre for Rabies, WHO Collaborative Centre for Reference and Research on Rabies, Institut Pasteur, Paris, France.

8 Pathology Department, Dupuytren University Hospital, Limoges, France

9 Neurology Department, Dupuytren University Hospital, Limoges, France

10 Department of Clinical Microbiology, Necker Enfants-Malades Hospital, AP-HP, Centre Université de Paris, Paris, France

11 Ecole Nationale Vétérinaire d’Alfort, Maisons-Alfort, France

*Danielle Seilhan and Marc Eloit are co-senior authors