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Domaines Scientifiques
Maladies
Organismes
Applications
Technique
Date de Début
01
Jan 2017
Mots-clés
6 mots-clés
Date de Fin
01
Jan 2018
Statut
Completed
Membres
1
Structures
5
Publications
1

Présentation

sequana_coverage is a standalone application that reports genomic regions of interest (ROIs) which are significantly over- or under-represented in high throughput sequencing data. Thanks to HTML reports, is allows users to browse the detected ROI. This tool can be used to detect CNVs or deleted regions from a few bases to several kB. It was published in 2018 in GigaScience (, giy110, https://doi.org/10.1093/gigascience/giy110). Please see the online article for details.

Here below is a snapshot of a CNV detectd within a bacterial genome. The algorithm implemented within sequana_coverage can be very precise and determined the starting and ending position with high confidence.

This work was done within the Biomics Platform and is part of the Sequana software

CNV detection