Original art: HEXICO (El Gato y La Caja)
L’objectif ultime de l’unité G5 de Paléogénomique Microbienne est d’étudier comment les pathogènes et les microbes humains ont émergé, se sont propagés et ont évolué au niveau génomique au cours de l’histoire humaine, et d’utiliser ces informations pour mieux comprendre la complexité des maladies infectieuses modernes ainsi que celle des microbes commensaux humains. Pour cela, nous rassemblons et/ou adaptons des outils, des concepts et des approches issus de disciplines variées telles que l’ADN ancien, la phylogénie, la génomique microbienne, l’évolution, la génétique des populations, la bioinformatique, l’histoire et l’archéologie. La majeure partie des connaissances actuelles sur les maladies infectieuses et le microbiote humain provient d’études sur des souches microbiennes modernes. Nos projets visent à exploiter les données génomiques issues de pathogènes anciens et de microbes oraux pour reconstituer où et quand ces espèces ont existé par le passé, et déterminer les relations et changements génomiques survenus au fil du temps entre les souches anciennes et celles présentes aujourd’hui. Nous utiliserons également ces approches pour étudier la mobilité et la diffusion des espèces microbiennes en lien avec leurs populations hôtes humaines, ainsi que les rôles joués par différents processus historiques dans la structuration de notre écosystème microbien.
Notre principal axe d’étude porte sur les populations humaines du Cône Sud de l’Amérique, que nous analyserons sur de larges échelles temporelles, depuis les premières populations humaines du continent jusqu’aux sociétés modernes. Ce choix est motivé par le fait que nous savons très peu de choses sur les pathogènes et les microbes associés aux populations précolombiennes — y compris celles de cette région — et sur la manière dont ce paysage a pu évoluer après la transition agricole, la « découverte » de l’Amérique, le processus de colonisation et l’ère post-industrielle. En outre, ce contexte représente un modèle distinct et indépendant pour étudier comment les maladies infectieuses et les microbes humains ont émergé, évolué et circulé, étant donné que ces populations ont été isolées du reste du monde pendant environ 15 000 à 20 000 ans.
The Official song of The Microbial Paleogenomics Unit :
Lyric:
Microbial Time Travelers
A Song for the Microbial Paleogenomics Lab
[Verse 1]
Deep in the labs of Institut Pasteur,
We dig through history and genomes to master.
Microbes and humans, a dance through the ages,
Unlocking their secrets in dusty old pages.
From ancient teeth to burial grounds,
The echoes of microbes in history resound.
Pre-Columbian puzzles, genomic cascades,
Piecing together the roles they played.
[Chorus]
We’re microbial time travelers, diving through the past,
Reconstructing genomes, making knowledge last.
From the Southern Cone to where microbes roam,
Tracing the path to the bugs we love!
[Verse 2]
Phylogenetics, bioinformatics flair,
Evolutionary secrets unravel with care.
From ancient pathogens to oral swabs,
We’re microbial sleuths with the coolest of jobs.
Post-industrial microbes, pre-agricultural clues,
Colonial transitions and the bugs they diffuse.
Isolation for ages, now history’s unlocked,
With genomes as keys, the mysteries are rocked.
[Chorus]
We’re microbial time travelers, diving through the past,
Reconstructing genomes, making knowledge last.
From the Southern Cone to where microbes roam,
Tracing the path to the bugs we love!
[Bridge]
Beneath the microscope, a story unfolds,
Of pathogens ancient and microbes bold.
Evolution’s whispers, mobility’s shout,
Human history told by what’s inside our mouth.
[Verse 3]
From DNA fragments, we piece it together,
Ancient and modern, through all kinds of weather.
The spread of disease, the shaping of life,
Microbial tales of love, war, and strife.
Southern Cone mysteries, a genomic spree,
Unveiling the microbes that shaped history.
Not just pathogens, but our commensal friends,
The microbial saga never ends!
[Chorus]
We’re microbial time travelers, diving through the past,
Reconstructing genomes, making knowledge last.
From the Southern Cone to where microbes roam,
Tracing the path to the bugs we love!
[Outro]
So here’s to the lab at Institut Pasteur,
Where microbes and history beautifully concur.
Microbial Paleogenomics, the ultimate quest,
Unearthing the past to understand the rest!
