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Publication : Bioinformatics (Oxford, England)

The K-mer File Format: a standardized and compact disk representation of sets of k-mers.

Équipe: Hub de Bioinformatique et Biostatistique
Équipe: Algorithmes pour les séquences biologiques
Membre : Yoann Dufresne
Membre : Rayan Chikhi
Domaines Scientifiques
Maladies
Organismes
Applications
Technique

Publié sur Bioinformatics (Oxford, England) - 29 juil. 2022

Dufresne Y, Lemane T, Marijon P, Peterlongo P, Rahman A, Kokot M, Medvedev P, Deorowicz S, Chikhi R,

Lien vers Pubmed [PMID] – 35904548

Lien DOI – 10.1093/bioinformatics/btac528

Bioinformatics 2022 Jul; ():

Bioinformatics applications increasingly rely on ad-hoc disk storage of k-mer sets, e.g. for de Bruijn graphs or alignment indexes. Here we introduce the K-mer File Format (KFF) as a general lossless framework for storing and manipulating k-mer sets, realizing space savings of 3-5x compared to other formats, and bringing interoperability across tools.Format specification, C ++/Rust API, tools: https://github.com/Kmer-File-Format/.