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Publication : Bioinformatics

TDFragMapper: a visualization tool for evaluating experimental parameters in top-down proteomics.

Domaines Scientifiques
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Publié sur Bioinformatics - 18 Nov 2021

Dhenin J, Lima DB, Dupré M, Chamot-Rooke J,

Lien vers Pubmed [PMID] – 34792554

Lien DOI – 10.1093/bioinformatics/btab784

Bioinformatics 2021 Nov; ():

We present a new software-tool allowing an easy visualization of fragment ions and thus a rapid evaluation of key experimental parameters on the sequence coverage obtained for the MS/MS analysis of intact proteins. Our tool can process data obtained from various deconvolution and fragment assignment software.We demonstrate that TDFragMapper can rapidly highlight the experimental fragmentation parameters that are critical to the characterization of intact proteins of various size using top-down proteomics.TDFragMapper, a demonstration video and user tutorial are freely available for academic use at https://msbio.pasteur.fr/tdfragmapper; all data are thus available from the ProteomeXchange consortium (identifier PXD024643).Supplementary data are available at Bioinformatics online.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34792554