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Publication : Nucleic acids research

SARA-Coffee web server, a tool for the computation of RNA sequence and structure multiple alignments

Domaines Scientifiques
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Applications
Technique

Publié sur Nucleic acids research - 27 Jun 2014

Di Tommaso P, Bussotti G, Kemena C, Capriotti E, Chatzou M, Prieto P, Notredame C

Lien vers Pubmed [PMID] – 24972831

Nucleic Acids Res. 2014 Jul;42(Web Server issue):W356-60

This article introduces the SARA-Coffee web server; a service allowing the online computation of 3D structure based multiple RNA sequence alignments. The server makes it possible to combine sequences with and without known 3D structures. Given a set of sequences SARA-Coffee outputs a multiple sequence alignment along with a reliability index for every sequence, column and aligned residue. SARA-Coffee combines SARA, a pairwise structural RNA aligner with the R-Coffee multiple RNA aligner in a way that has been shown to improve alignment accuracy over most sequence aligners when enough structural data is available. The server can be accessed from http://tcoffee.crg.cat/apps/tcoffee/do:saracoffee.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24972831