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09:00
13
Nov 2025
Cours

Artificial Intelligence (AI) in Structural Biology hands-on workshop

Part 1. Critical use of AI for 3D structure prediction Instructors: Benjamin Bardiaux (Permanent researcher in the Bacterial Transmembrane Systems Unit at Institut Pasteur) & Ludovic Sauguet (Research director in the Architecture & Dynamics […]
Intelligence Artificielle à l’Institut Pasteur
Benjamin Bardiaux
Ludovic Sauguet
Vincent Schnapka
Duc Duy VU
Samuel Hoff
Laura Cantini
Max Bonomi
Ernest Mordret
Elodie Dandelot
Stefaniia Ivashchenko
Olivier Cassar
Monica Sala
Hervé Waxin
Virginie Ponticelli
Sarah Michel-Anfray
2025-11-13 09:00:00 2025-11-13 17:00:00 Europe/Paris Artificial Intelligence (AI) in Structural Biology hands-on workshop Part 1. Critical use of AI for 3D structure prediction Instructors: Benjamin Bardiaux (Permanent researcher in the Bacterial Transmembrane Systems Unit at Institut Pasteur) & Ludovic Sauguet (Research director in the Architecture & Dynamics […] Pasteur Institute, Rue du Docteur Roux, Paris, France
09:00
30
Oct 2025
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Part 1. Fine-tuning biological LLMs for functional classification Intructor: Ernest Mordret (postdoctoral researcher at the Institut Pasteur) Large Language Models (LLMs) are revolutionizing biology! They capture intricate patterns within DNA and protein sequences through […]
Intelligence Artificielle à l’Institut Pasteur
Ernest Mordret
Jeremie Kalfon
Laura Cantini
Max Bonomi
Stefaniia Ivashchenko
Olivier Cassar
Monica Sala
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Sarah Michel-Anfray
2025-10-30 09:00:00 2025-10-30 17:00:00 Europe/Paris Artificial Intelligence (AI) in Genomics hands-on workshop Part 1. Fine-tuning biological LLMs for functional classification Intructor: Ernest Mordret (postdoctoral researcher at the Institut Pasteur) Large Language Models (LLMs) are revolutionizing biology! They capture intricate patterns within DNA and protein sequences through […] Pasteur Institute, Rue du Docteur Roux, Paris, France
09:00
09
Mar 2026
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AI for Life Sciences Theoretical Workshop for Pasteur PhD students

In the frame of Pasteur 2030 strategic plan which aims to advance expertise in artificial intelligence (AI) in biological research and develop a dedicated pathway to support the autonomy and growth of young scientists, […]
Laura Cantini
Max Bonomi
Ernest Mordret
Duc Duy VU
Vincent Schnapka
Jean-Yves Tinevez
Jeremie Kalfon
Guillaume Bouvier
Benjamin Bardiaux
Ludovic Sauguet
Jean-Baptiste Masson
Laurent Essioux
Stefaniia Ivashchenko
Olivier Cassar
Virginie Ponticelli
Hervé Waxin
Monica Sala
2026-03-09 09:00:00 2026-03-11 12:30:00 Europe/Paris AI for Life Sciences Theoretical Workshop for Pasteur PhD students In the frame of Pasteur 2030 strategic plan which aims to advance expertise in artificial intelligence (AI) in biological research and develop a dedicated pathway to support the autonomy and growth of young scientists, […] Pasteur Institute, Rue du Docteur Roux, Paris, France

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Cryo-EM has greatly expanded our understanding of the structure and function of many important biological systems. The next challenges now concern the responses to the following questions. When advanced classification techniques of single-particle images […]

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PLUMED is an open-source library for free-energy calculations in molecular systems, which works together with some of the most popular molecular dynamics engines. Free-energy calculations can be performed as a function of many order […]
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PLUMED-NEST is the public repository of the PLUMED consortium. It provides all the data needed to reproduce the results of a PLUMED-enhanced molecular dynamics simulation (or analysis) contained in a published paper. Furthermore, PLUMED-NEST […]

CV

Professional experience

  • 2021-Present: Institut Pasteur, Group Leader
  • 2018-Present: Institut Pasteur and CNRS, Chargé de recherche de classe normal
  • 2013-2018: University of Cambridge, Postdoc – Vendruscolo group
  • 2014-2016: University of Washington, Consultant
  • 2010-2013: University of California San Francisco, Postdoc – Sali group

Education

  • June 2019: Sorbonne Université, HDR (thesis available here)
  • 2006-2010: ETH Zurich, Ph.D. – Parrinello Group
  • 1998-2004: Universitá degli Studi di Milano – M.Sc. in Theoretical Physics
Full CV available here (updated May 2021)

Publications

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