Formation académique
Pendant sa thèse en robotique à Amiens, Fabrice de Chaumont a conçu un robot autonome pour aider les personnes handicapées moteur (paraplégiques, hémiplégiques). Le robot est basé sur des capteurs de vision omnidirectionnels cartographiant l’environnement en SLAM (simultaneous localization and mapping) afin de naviguer automatiquement dans un environnement réel. Le robot a été conçu pour suivre la personne en fauteuil roulant afin de lui porter de façon déportée un équipement lourd (dans le cas présent un bras synthétique).
Projets
Logiciel d’analyse d’images – Icy
Fabrice de Chaumont a été initialement engagé à l’institut Pasteur en 2007 pour créer un moteur 3D basé sur la librairie OpenGL pour représenter des samples biologiques et des résultats d’analyse d’image dans le logiciel interne de l’unité. Il a ensuite créé un nouveau logiciel d’analyse d’images, Icy, Icy, réalisé pour amener les derniers développement publiés en analyse d’images à la communauté des biologistes. Icy est un logiciel ouvert (open source) dont on peut étendre les capacités en rajoutant des modules. Les modules proviennent de différents laboratoires répartis partout dans le monde. Fabrice de Chaumont a écrit les bases du noyau d’Icy ainsi que le site web. Ensuite Stephane Dallongeville a rejoint l’équipe. Pendant 1 an ils ont tous les deux écrit le noyau. Certaines contributions importantes, comme l’interface graphique de programmation ont été developés par Alexandre Dufour. Icy a été publié dans Nature Methods in 2012. (Icy: an open bioimage informatics platform for extended reproducible research, Fabrice de Chaumont, Stéphane Dallongeville, Nicolas Chenouard, Nicolas Hervé, Sorin Pop, Thomas Provoost, Vannary Meas-Yedid, Praveen Pankajakshan, Timothée Lecomte, Yoann Le Montagner, Thibault Lagache, Alexandre Dufour & Jean-Christophe Olivo-Marin).
Fabrice de Chaumont anime également la communauté en organisant des “coding party” avec les post-docs et thésards (mais aussi permanents !) des laboratoires partenaires.
Il a également initié les “Icy club”, auxquels toute personne avec une question d’analyse d’image ou d’utilisation d’Icy peuvent venir pour obtenir une aide.
Fabrice de Chaumont travaille maintenant sur la conduite de projets scientifiques “plugins” de Icy. Ainsi en 2015 il passe le relai d’Icy à Stephane Dallongeville pour la préparation d’Icy 2.
Mice tracking
En 2012, Fabrice de Chaumont travaillait sur le suivi de C. elegans dans un contexte d’analyse de screen. Il créé pour le réaliser une méthode de suivi basée sur un moteur physique. Un objet est représenté par des primitives (rectangles, carrés, cercles) connecté entre eux via des joints (piston, axe de rotation, corde, élastique). L’ensemble est animé par un ensemble de forces appliquées à chaque éléments, et calculées à partir de la vidéo. Ce système a été finalement appliqué au suivi de souris. C’est avec Sylvie Granon qui travaille sur le comportement des souris qu’il applique ce système pour suivre les souris avec précision. Il permet une compréhension plus fine de l’interaction des souris: il procure de nouveaux détails pendant les contacts des animaux qui étaient impossible à détecter auparavant. De plus ce système permet de suivre l’évolution temporelle du contact social entre les individus, ce qui n’existait pas non plus. Enfin cette méthode permet d’obtenir une quantité considérable d’informations pour chaque animaux observés et contribue ainsi à limiter le nombre d’animaux utilisés dans les expérimentations. Ce travail a été publié en 2012 dans Nature methods. (Computerized video analysis of social interactions in mice, Fabrice de Chaumont, Renata Dos-Santos Coura, Pierre Serreau, Arnaud Cressant, Jonathan Chabout, Sylvie Granon & Jean-Christophe Olivo-Marin). Le logiciel peut être téléchargé et utilisé librement ici.
Fabrice de Chaumont travaille actuellement sur une nouvelle solution dédié au suivi d’animaux en collaboration avec Elodie Ey, membre de l’équipe Human genetics and cognitive functions (Thomas Bourgeron) and de l’équipe Neurophysiologiy and behaviour (Philippe Faure, Nicolas Torquet).
Detection et suivi de particules
Fabrice de Chaumont a écrit le plugin Spot detector basé sur une méthode développée par Jean-Christophe Olivo-Marin. Pendant la thèse de Nicolas Chenouard il contribue à l’écriture des outils d’analyse de suivi. Pendant celle-ci ils réalisent qu’il n’existe pas de benchmark pour comparer les méthodes avec une même métrique. Ainsi, en 2012, ils co-organisent une compétition de suivi (tracking challenge) dans le cadre de la conférence ISBI. Cette compétition permet à chaque équipe de concourir en suivant des particules dans des images générées artificiellement selon différents scenarios proches de contextes biologiques réels, avec différents niveaux de densité et bruit. Cette compétition a été publiée en 2014 dans Nature Methods. (Objective comparison of particle tracking methods. Nicolas Chenouard1, Ihor Smal1, Fabrice de Chaumont1, Martin Maška1, Ivo F. Sbalzarini, Yuanhao Gong, Janick Cardinale, Craig Carthel, Stefano Coraluppi, Mark Winter, Andrew R. Cohen, William J. Godinez, Karl Rohr, Yannis Kalaidzidis, Liang Liang, James Duncan, Hongying Shen, Yingke Xu, Klas E. G. Magnusson, Joakim Jaldén, Helen M. Blau, Perrine Paul-Gilloteaux, Philippe Roudot, Charles Kervrann, François Waharte, Jean-Yves Tinevez, Spencer L. Shorte, Joost Willemse, Katherine Celler, Gilles P. van Wezel, Han-Wei Dan, Yuh-Show Tsai, Carlos Ortiz de Solórzano, Jean-Christophe Olivo-Marin, Erik Meijering. Nature Methods, vol. 11, no. 3, pp. 281-289, March 2014) 1: co-premiers auteurs.
Web recherche Pasteur
Fabrice de Chaumont est membre du Secretariat Général Scientifique (Nathalie de Parseval), dans la cadre de la mission site web recherche.
