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Présentation

Mon travail s’articule autour de quatre grands thèmes de recherche : l’histoire génétique et la structure des populations humaines aux modes de vie différents, la génomique humaine de l’infection par le virus de l’hépatite C, l’histoire évolutive des mutations génétiques contrôlant notre réponse aux pathogènes, et plus récemment les facteurs environnementaux et génétiques contrôlant la réponse immunitaire chez l’homme.

Le premier thème correspond à ma thématique actuelle et principale au sein de l’équipe de Génétique Evolutive Humaine, dirigée par Lluis Quintana-Murci (CNRS URA3012). Dans le cadre de cette thématique, j’ai pour objectif de déterminer l’impact d’une révolution technologique majeure, l’émergence de l’agriculture, sur l’histoire démographique et adaptative de l’espèce humaine, en utilisant des approches de génomique des populations (Patin et al., PLoS Genet 2009; Patin et al., Nat Commun 2014). Le deuxième thème correspond principalement à des travaux effectués au cours de mon post-doctorat dans l’équipe de Génétique Humaine des Maladies Infectieuses, dirigée par Laurent Abel (INSERM UMR980). Mon objectif a été d’identifier des gènes et mutations jouant un rôle clef dans la susceptibilité humaine à l’infection par le virus de l’hépatite C (Patin*, Kutalik* et al., Gastroenterology 2012), ainsi que dans plusieurs immunodéficiences Mendéliennes rares (Crequer et al., J Clin Invest 2012). Dans un troisième thème, je me sers de la génomique évolutive et épidémiologique, une approche combinée qui me tient à cœur depuis le début de ma carrière (Louicharoen C*, Patin E*, et al., Science 2009), afin de répondre à un certain nombre de questions à la frontière entre médecine et évolution : quelles pressions évolutives les maladies infectieuses ont-elles exercées sur l’homme ? Les mutations responsables d’une susceptibilité aux infections ont-elles été avantagées ou désavantagées par le passé ? Enfin, je me concentre dans mon quatrième thème de recherche sur les déterminants environnementaux et génétiques de la variation de réponse immunitaire observée dans la population générale française, dans le cadre du LabEx Milieu Intérieur, coordonné par Matthew Albert and Lluis Quintana-Murci (www.milieuinterieur.fr). Mon objectif est de mieux décrire la variabilité naturelle de réponse aux pathogènes chez l’homme, définie par de nombreux phénotypes cellulaires et moléculaires en relation avec l’immunité, et d’en identifier les déterminants génétiques majeurs.

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