Clostridium difficile en microscopie à contraste de phase. On distingue des bactéries sporulées, non sporulées et d'autres en cours de lyse (destruction). Bactérie de l'environnement (sol, eau, foin, sable), elle est à l'origine d'infections nosocomiales survenant après un traitement antibiotique : Clostridium difficile prédomine alors que les autres bactéries de la flore intestinale ont été détruites. L'infection peut provoquer deux types de pathologies graves : les colites pseudo-membraneuses dont l'origine est quasiment due à 100 % à C. difficile et la diarrhée post-antibiothérapie due à C. difficile dans 30 % des cas de ces diarrhées.