Nous proposons une formation classique à la phylogénie moléculaire avec des cours théoriques portant sur les trois méthodes de construction d’arbres phylogénétiques : distance, parcimonie et maximum de vraisemblance. Nous expliquerons les concepts généraux sous-tendant ces méthodes. Comment maîtriser choix, paramètres et interpréter les résultats des programmes de phylogénie. Enfin, les méthodes bayésiennes abordées sur un plan théorique et pratique, et mettant en œuvre une analyse complexe des données, introduiront des compétences avancées en phylogénie.
Réalisé à l’Institut Pasteur, les travaux pratiques porteront principalement sur l’analyse phylogénétique de (gènes) marqueurs pour l’identification, la caractérisation et le suivi épidémiologique des microorganismes pathogènes.
Programme général du cours
Alternance de cours : Acquisition de notions théoriques concernant la phylogénie (15 h) et de TP : Maîtrise des outils et logiciels pour la phylogénie (15 h)
- Introduction à la phylogénie : principes généraux de l’inférence d’arbres et applications au suivi des maladies infectieuses
- Manipulation d’arbres, enracinement, lecture et interprétation des arbres
- Mathématique (simple) des arbres et modèles d’évolution
- Méthodes de distance et estimation de la fiabilité (bootstrap, consensus …)
- Méthodes de parcimonie, algorithmes, attraction des longues branches
- Méthodes de maximum de vraisemblance, tests de branche rapides
- Approche Bayésienne : le théorème de Bayes, les MCMC, et les probabilités postérieures
- Processus évolutifs et détection de sélection positive
- Choix des méthodes, artéfacts et conflits phylogénétiques