Objectifs
La formation s’adresse à des chercheurs et ingénieurs directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école s’adresse aux nouveaux enjeux technologiques: elle inclura notamment une ouverture aux technologies lectures longues, qui transforment les approches en matière d’assemblage de génomes et l’identification de transcrits pleine longueur, ainsi que trois ateliers optionnels (lectures courtes : RNA-seq, ChIP-seq, variants), et une introduction à l’intégration des données.
L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques qui permettront aux participants d’analyser ensuite leurs propres données de séquençage. Elle sera basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour discuter de leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme. Attention : cette formation n’a pas pour vocation de réaliser l’analyse complète des données des participants.
Durée
La formation se tiendra du 12 novembre, 18h00 au 17 novembre, 14h00.
Langue
Les cours seront prodigués uniquement en français.
Participants
Cette formation est destinée aux biologistes (ingénieurs, doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs,…) confrontés à l’analyse de données NGS, et qui ne disposent pas des compétences bioinformatiques suffisantes.
Environnement de travail
Nouveau : L’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation de commandes en ligne (terminal Linux) pour les analyses bioinformatiques, et du langage R pour les analyses statistiques.
Prérequis
Aucune connaissance préalable de l’environnement Linux ou R n’est requise: la formation débutera par une introduction aux commandes en ligne qui sera progressivement approfondie au fil des sessions thématiques.
Contenu
La formation est une initiation à l’utilisation des outils bioinformatiques permettant d’aborder la diversité des applications du NGS. Cette école, qui se veut généraliste, sera organisée en trois groupes thématiques principaux: RNA-Seq, ChIP-Seq, et variations génomiques. Le but de l’école est de couvrir plusieurs technologies largement utilisées, plutôt que de se concentrer sur une seule. Une journée sera de plus consacrée à l’étude des lectures longues.
L’école sera basée sur des ateliers pratiques sous l’environnement Linux en ligne de commande.
Les participants sélectionnés pourront bénéficier d’un tutorat personnalisé pour discuter de leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme (sans avoir la volonté de mener à bien l’analyse complète des données).
Plateformes
ABiMS (CNRS/UPMC, Roscoff), BIOGER (INRA Grignon), C3BI (Institut Pasteur, Paris), eBIO (Univ. Paris Sud), IFB core (Gif-sur-Yvette), IGBMC (Strasbourg), Institut Curie-U900 (Paris), Institut Gustave Roussy (Villejuif), I2BC (Gif-sur-Yvette), Genotoul (Toulouse), Genouest (CNRS/IRISA, Rennes), MIAT (INRA Toulouse), Sigenae (INRA Toulouse), TAGC (Marseille).
site web : http://www.france-bioinformatique.fr/fr/evenements/EBA2017