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Publication : Proteins

Influence of different assignment conditions on the determination of symmetric homodimeric structures with ARIA

Domaines Scientifiques
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Organismes
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Technique

Publié sur Proteins - 15 May 2009

Bardiaux B, Bernard A, Rieping W, Habeck M, Malliavin TE, Nilges M

Lien vers Pubmed [PMID] – 18951392

Proteins 2009 May;75(3):569-85

The ambiguous restraint for iterative assignment (ARIA) approach for NMR structure calculation is evaluated for symmetric homodimeric proteins by assessing the effect of several data analysis and assignment methods on the structure quality. In particular, we study the effects of network anchoring and spin-diffusion correction. The spin-diffusion correction improves the protein structure quality systematically, whereas network anchoring enhances the assignment efficiency by speeding up the convergence and coping with highly ambiguous data. For some homodimeric folds, network anchoring has been proved essential for unraveling both chain and proton assignment ambiguities.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18951392