Tapez votre recherche ici
  • Équipes
  • Membres
  • Projets
  • Événements
  • Appels
  • Emplois
  • publications
  • Logiciel
  • Outils
  • Réseau
  • Équipement

Un petit guide pour l'utilisation de la recherche avancée :

  • Tip 1. Utilisez "" afin de chercher une expression exacte.
    Exemple : "division cellulaire"
  • Tip 2. Utilisez + afin de rendre obligatoire la présence d'un mot.
    Exemple : +cellule +stem
  • Tip 3. Utilisez + et - afin de forcer une inclusion ou exclusion d'un mot.
    Exemple : +cellule -stem
e.g. searching for members in projects tagged cancer
Rechercher
Compteur
IN
OUT
Contenu 1
  • member
  • team
  • department
  • center
  • program_project
  • nrc
  • whocc
  • project
  • software
  • tool
  • patent
  • Personnel Administratif
  • Chargé(e) de Recherche Expert
  • Directeur(trice) de Recherche
  • Assistant(e) de Recherche Clinique
  • Professeur(e)
  • Etudiant(e) M2
  • Aide technique
  • Chercheur(euse) Contractuel(le)
  • Chercheur(euse) Permanent(e)
  • Pharmacien(ne)
  • Etudiant(e) en thèse
  • Médecin
  • Post-doctorant(e)
  • Chef(fe) de Projet
  • Chargé(e) de Recherche
  • Ingénieur(e) de Recherche
  • Chercheur(euse) Retraité(e)
  • Technicien(ne)
  • Etudiant(e)
  • Vétérinaire
  • Visiteur(euse) Scientifique
  • Directeur(trice) Adjoint(e) de Centre
  • Directeur(trice) Adjoint(e) de Départment
  • Directeur(trice) Adjoint(e) de Centre National de Référence
  • Directeur(trice) Adjoint(e) de Plateforme
  • Directeur(trice) de Centre
  • Directeur(trice) de Départment
  • Directeur(trice) d'Institut
  • Directeur(trice) de Centre National de Référence
  • Chef(fe) de Groupe
  • Responsable de Plateforme
  • Responsable opérationnel et administratif
  • Responsable de Structure
  • Président(e) d'honneur de Département
  • Coordinateur(trice) du Labex
Contenu 2
  • member
  • team
  • department
  • center
  • program_project
  • nrc
  • whocc
  • project
  • software
  • tool
  • patent
  • Personnel Administratif
  • Chargé(e) de Recherche Expert
  • Directeur(trice) de Recherche
  • Assistant(e) de Recherche Clinique
  • Professeur(e)
  • Etudiant(e) M2
  • Aide technique
  • Chercheur(euse) Contractuel(le)
  • Chercheur(euse) Permanent(e)
  • Pharmacien(ne)
  • Etudiant(e) en thèse
  • Médecin
  • Post-doctorant(e)
  • Chef(fe) de Projet
  • Chargé(e) de Recherche
  • Ingénieur(e) de Recherche
  • Chercheur(euse) Retraité(e)
  • Technicien(ne)
  • Etudiant(e)
  • Vétérinaire
  • Visiteur(euse) Scientifique
  • Directeur(trice) Adjoint(e) de Centre
  • Directeur(trice) Adjoint(e) de Départment
  • Directeur(trice) Adjoint(e) de Centre National de Référence
  • Directeur(trice) Adjoint(e) de Plateforme
  • Directeur(trice) de Centre
  • Directeur(trice) de Départment
  • Directeur(trice) d'Institut
  • Directeur(trice) de Centre National de Référence
  • Chef(fe) de Groupe
  • Responsable de Plateforme
  • Responsable opérationnel et administratif
  • Responsable de Structure
  • Président(e) d'honneur de Département
  • Coordinateur(trice) du Labex
Recherche
Revenir
Haut de page
Partagez
© A. Alanio, E. Perret
Prolifération de Cryptococcus neoformans dans des macrophages murins.
Publication : The Journal of eukaryotic microbiology

Correlation Between Pneumocystis jirovecii Mitochondrial Genotypes and High and Low Fungal Loads Assessed by Single Nucleotide Primer Extension Assay and Quantitative Real-Time PCR

Domaines Scientifiques
Maladies
Organismes
Applications
Technique

Publié sur The Journal of eukaryotic microbiology - 27 Jul 2015

Alanio A, Olivi M, Cabaret O, Foulet F, Bellanger AP, Millon L, Berceanu A, Cordonnier C, Costa JM, Bretagne S

Lien vers Pubmed [PMID] – 25940946

J. Eukaryot. Microbiol. 2015 May;

We designed a single nucleotide primer extension (SNaPshot) assay for Pneumocystis jirovecii genotyping, targeting mt85 SNP of the mitochondrial large subunit ribosomal RNA locus, to improve minority allele detection. We then analyzed 133 consecutive bronchoalveolar lavage (BAL) fluids tested positive for P. jirovecii DNA by quantitative real-time PCR, obtained from two hospitals in different locations (Hospital 1 [n = 95] and Hospital 2 [n = 38]). We detected three different alleles, either singly (mt85C: 39.1%; mt85T: 24.1%; mt85A: 9.8%) or together (27%), and an association between P. jirovecii mt85 genotype and the patient’s place of hospitalization (p = 0.011). The lowest fungal loads (median = 0.82 × 10(3) copies/μl; range: 15-11 × 10(3) ) were associated with mt85A and the highest (median = 1.4 × 10(6) copies/μl; range: 17 × 10(3) -1.3 × 10(7) ) with mt85CTA (p = 0.010). The ratios of the various alleles differed between the 36 mixed-genotype samples. In tests of serial BALs (median: 20 d; range 4-525) from six patients with mixed genotypes, allele ratio changes were observed five times and genotype replacement once. Therefore, allele ratio changes seem more frequent than genotype replacement when using a SNaPshot assay more sensitive for detecting minority alleles than Sanger sequencing. Moreover, because microscopy detects only high fungal loads, the selection of microscopy-positive samples may miss genotypes associated with low loads.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25940946