Tapez votre recherche ici
  • Équipes
  • Membres
  • Projets
  • Événements
  • Appels
  • Emplois
  • publications
  • Logiciel
  • Outils
  • Réseau
  • Équipement

Un petit guide pour l'utilisation de la recherche avancée :

  • Tip 1. Utilisez "" afin de chercher une expression exacte.
    Exemple : "division cellulaire"
  • Tip 2. Utilisez + afin de rendre obligatoire la présence d'un mot.
    Exemple : +cellule +stem
  • Tip 3. Utilisez + et - afin de forcer une inclusion ou exclusion d'un mot.
    Exemple : +cellule -stem
e.g. searching for members in projects tagged cancer
Rechercher
Compteur
IN
OUT
Contenu 1
  • member
  • team
  • department
  • center
  • program_project
  • nrc
  • whocc
  • project
  • software
  • tool
  • patent
  • Personnel Administratif
  • Chargé(e) de Recherche Expert
  • Directeur(trice) de Recherche
  • Assistant(e) de Recherche Clinique
  • Chercheur(euse) Clinicien(ne)
  • Manager de département
  • Professeur(e)
  • Etudiant(e) M2
  • Professeur Honoraire
  • Aide technique
  • Chercheur(euse) Contractuel(le)
  • Chercheur(euse) Permanent(e)
  • Pharmacien(ne)
  • Etudiant(e) en thèse
  • Médecin
  • Post-doctorant(e)
  • Prize
  • Chef(fe) de Projet
  • Chargé(e) de Recherche
  • Ingénieur(e) de Recherche
  • Chercheur(euse) Retraité(e)
  • Technicien(ne)
  • Etudiant(e)
  • Vétérinaire
  • Visiteur(euse) Scientifique
  • Directeur(trice) Adjoint(e) de Centre
  • Directeur(trice) Adjoint(e) de Départment
  • Directeur(trice) Adjoint(e) de Centre National de Référence
  • Directeur(trice) Adjoint(e) de Plateforme
  • Directeur(trice) de Centre
  • Directeur(trice) de Départment
  • Directeur(trice) d'Institut
  • Directeur(trice) de Centre National de Référence
  • Chef(fe) de Groupe
  • Responsable de Plateforme
  • Responsable opérationnel et administratif
  • Responsable de Structure
  • Président(e) d'honneur de Département
  • Coordinateur(trice) du Labex
Contenu 2
  • member
  • team
  • department
  • center
  • program_project
  • nrc
  • whocc
  • project
  • software
  • tool
  • patent
  • Personnel Administratif
  • Chargé(e) de Recherche Expert
  • Directeur(trice) de Recherche
  • Assistant(e) de Recherche Clinique
  • Chercheur(euse) Clinicien(ne)
  • Manager de département
  • Professeur(e)
  • Etudiant(e) M2
  • Professeur Honoraire
  • Aide technique
  • Chercheur(euse) Contractuel(le)
  • Chercheur(euse) Permanent(e)
  • Pharmacien(ne)
  • Etudiant(e) en thèse
  • Médecin
  • Post-doctorant(e)
  • Prize
  • Chef(fe) de Projet
  • Chargé(e) de Recherche
  • Ingénieur(e) de Recherche
  • Chercheur(euse) Retraité(e)
  • Technicien(ne)
  • Etudiant(e)
  • Vétérinaire
  • Visiteur(euse) Scientifique
  • Directeur(trice) Adjoint(e) de Centre
  • Directeur(trice) Adjoint(e) de Départment
  • Directeur(trice) Adjoint(e) de Centre National de Référence
  • Directeur(trice) Adjoint(e) de Plateforme
  • Directeur(trice) de Centre
  • Directeur(trice) de Départment
  • Directeur(trice) d'Institut
  • Directeur(trice) de Centre National de Référence
  • Chef(fe) de Groupe
  • Responsable de Plateforme
  • Responsable opérationnel et administratif
  • Responsable de Structure
  • Président(e) d'honneur de Département
  • Coordinateur(trice) du Labex
Recherche
Revenir
Haut de page
Partagez
© Recherche
Publication : Molecular biology and evolution

An assessment of the impacts of molecular oxygen on the evolution of proteomes

Domaines Scientifiques
Maladies
Organismes
Applications
Technique

Publié sur Molecular biology and evolution - 25 Jun 2008

Vieira-Silva S, Rocha EP

Lien vers Pubmed [PMID] – 18579552

Mol. Biol. Evol. 2008 Sep;25(9):1931-42

Oxygen is not only one of life’s essential elements but also a source of protein damage, mutagenesis, and ageing. Many proteome adaptations have been proposed to tackle such stresses and we assessed them using comparative genomics in a phylogenetic context. First, we find that aerobiosis is a trait with important phylogenetic inertia but that oxygen content in proteins is not. Instead, oxygen content is close to the expected values given the nucleotide composition. Accordingly, we find no evidence of oxygen being a scarce resource for protein synthesis even among anaerobes. Second, we searched for counterselection of amino acids more prone to oxidation among aerobes. Only cysteine follows the expected trend, whereas tryptophan follows the inverse one. When analyzing composition in the context of protein structures and residue accessibility, we find that all oxidable residues are avoided at the surface of proteins. Yet, there is no difference between aerobes and anaerobes in this respect, and the effect might be explained by the hydrophobicity of these residues. Third, we revisited the hypothesis that atmospheric enrichment in molecular oxygen led to the development of the communication capabilities of eukaryotes. With a larger data set and adequate controls, we confirm the trend of longer oxygen-rich outer domains in transmembrane proteins of eukaryotes. Yet, we find no significant association between oxygen concentration in the environment and this trait within prokaryotes, suggesting that this difference is clade specific and independent of oxygen availability. We find that genes involved in cellular responses to oxygen are much more frequent among aerobes, and we suggest that they erase most expected differences in terms of proteome composition between organisms facing high and low oxygen concentrations.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18579552