Tapez votre recherche ici
  • Équipes
  • Membres
  • Projets
  • Événements
  • Appels
  • Emplois
  • publications
  • Logiciel
  • Outils
  • Réseau
  • Équipement

Un petit guide pour l'utilisation de la recherche avancée :

  • Tip 1. Utilisez "" afin de chercher une expression exacte.
    Exemple : "division cellulaire"
  • Tip 2. Utilisez + afin de rendre obligatoire la présence d'un mot.
    Exemple : +cellule +stem
  • Tip 3. Utilisez + et - afin de forcer une inclusion ou exclusion d'un mot.
    Exemple : +cellule -stem
e.g. searching for members in projects tagged cancer
Rechercher
Compteur
IN
OUT
Contenu 1
  • member
  • team
  • department
  • center
  • program_project
  • nrc
  • whocc
  • project
  • software
  • tool
  • patent
  • Personnel Administratif
  • Chargé(e) de Recherche Expert
  • Directeur(trice) de Recherche
  • Assistant(e) de Recherche Clinique
  • Infirmier(e) de Recherche Clinique
  • Chercheur(euse) Clinicien(ne)
  • Manager de département
  • Etudiant(e) en alternance
  • Professeur(e)
  • Professeur Honoraire
  • Aide technique
  • Etudiant(e) en Master
  • MD-PhD
  • Personnel médical
  • Chercheur(euse) Contractuel(le)
  • Personnel infirmier
  • Chercheur(euse) Permanent(e)
  • Pharmacien(ne)
  • Etudiant(e) en thèse
  • Médecin
  • Post-doctorant(e)
  • Prize
  • Chef(fe) de Projet
  • Chargé(e) de Recherche
  • Ingénieur(e) de Recherche
  • Chercheur(euse) Retraité(e)
  • Technicien(ne)
  • Etudiant(e)
  • Vétérinaire
  • Visiteur(euse) Scientifique
  • Directeur(trice) Adjoint(e) de Centre
  • Directeur(trice) Adjoint(e) de Départment
  • Directeur(trice) Adjoint(e) de Centre National de Référence
  • Directeur(trice) Adjoint(e) de Plateforme
  • Directeur(trice) de Centre
  • Directeur(trice) de Départment
  • Directeur(trice) d'Institut
  • Directeur(trice) de Centre National de Référence
  • Chef(fe) de Groupe
  • Responsable de Plateforme
  • Responsable opérationnel et administratif
  • Responsable de Structure
  • Président(e) d'honneur de Département
  • Coordinateur(trice) du Labex
Contenu 2
  • member
  • team
  • department
  • center
  • program_project
  • nrc
  • whocc
  • project
  • software
  • tool
  • patent
  • Personnel Administratif
  • Chargé(e) de Recherche Expert
  • Directeur(trice) de Recherche
  • Assistant(e) de Recherche Clinique
  • Infirmier(e) de Recherche Clinique
  • Chercheur(euse) Clinicien(ne)
  • Manager de département
  • Etudiant(e) en alternance
  • Professeur(e)
  • Professeur Honoraire
  • Aide technique
  • Etudiant(e) en Master
  • MD-PhD
  • Personnel médical
  • Chercheur(euse) Contractuel(le)
  • Personnel infirmier
  • Chercheur(euse) Permanent(e)
  • Pharmacien(ne)
  • Etudiant(e) en thèse
  • Médecin
  • Post-doctorant(e)
  • Prize
  • Chef(fe) de Projet
  • Chargé(e) de Recherche
  • Ingénieur(e) de Recherche
  • Chercheur(euse) Retraité(e)
  • Technicien(ne)
  • Etudiant(e)
  • Vétérinaire
  • Visiteur(euse) Scientifique
  • Directeur(trice) Adjoint(e) de Centre
  • Directeur(trice) Adjoint(e) de Départment
  • Directeur(trice) Adjoint(e) de Centre National de Référence
  • Directeur(trice) Adjoint(e) de Plateforme
  • Directeur(trice) de Centre
  • Directeur(trice) de Départment
  • Directeur(trice) d'Institut
  • Directeur(trice) de Centre National de Référence
  • Chef(fe) de Groupe
  • Responsable de Plateforme
  • Responsable opérationnel et administratif
  • Responsable de Structure
  • Président(e) d'honneur de Département
  • Coordinateur(trice) du Labex
Recherche
Revenir
Haut de page
Partagez
© Gregory Podgorniak
Publication : PLoS computational biology

Accounting for contact tracing in epidemiological birth-death models.

Domaines Scientifiques
Maladies
Organismes
Applications
Technique

Publié sur PLoS computational biology - 29 mai 2025

Zhukova A, Gascuel O

Lien vers Pubmed [PMID] – 40440423

Lien DOI – 10.1371/journal.pcbi.1012461

PLoS Comput Biol 2025 May; 21(5): e1012461

Phylodynamics bridges the gap between classical epidemiology and pathogen genome sequence data by estimating epidemiological parameters from time-scaled pathogen phylogenetic trees. The models used in phylodynamics typically assume that the sampling procedure is independent between infected individuals. However, this assumption does not hold for many epidemics, in particular for such sexually transmitted infections as HIV-1, for which contact tracing schemes are included in health policies of many countries. We extended phylodynamic multi-type birth-death (MTBD) models with contact tracing (CT), and developed a simulator to generate trees under MTBD and MTBD-CT models. We proposed a non-parametric test for detecting contact tracing in pathogen phylogenetic trees. Its application to simulated data showed that it is both highly specific and sensitive. For the simplest representative of the MTBD-CT family, the BD-CT(1) model, where only the last contact can be notified, we solved the differential equations and proposed a closed form solution for the likelihood function. We implemented a maximum-likelihood program, which estimates the BD-CT(1) model parameters and their confidence intervals from phylogenetic trees. It performed accurate parameter inference on BD and BD-CT(1) simulated data, and detected contact tracing in HIV-1 B epidemics in Zurich and the UK. Importantly, we showed that not accounting for contact tracing when it is present, leads to bias in parameter estimation with the BD model (overestimation of the becoming-non-infectious rate). This bias is also present, but greatly reduced, when the BD-CT(1) model is used on data where multiple contacts can be notified. Our CT test, MTBD-CT tree simulator and BD-CT(1) parameter estimator are freely available at GitHub (evolbioinfo/treesimulator and evolbioinfo/bdct).