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Publication : Nature methods

3D genome reconstruction from chromosomal contacts

Domaines Scientifiques
Maladies
Organismes
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Technique

Publié sur Nature methods - 21 Sep 2014

Lesne A, Riposo J, Roger P, Cournac A, Mozziconacci J

Lien vers Pubmed [PMID] – 25240436

Nat. Methods 2014 Nov;11(11):1141-3

A computational challenge raised by chromosome conformation capture (3C) experiments is to reconstruct spatial distances and three-dimensional genome structures from observed contacts between genomic loci. We propose a two-step algorithm, ShRec3D, and assess its accuracy using both in silico data and human genome-wide 3C (Hi-C) data. This algorithm avoids convergence issues, accommodates sparse and noisy contact maps, and is orders of magnitude faster than existing methods.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25240436