Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit
Assemblage et annotation de novo de génomes
Objectifs
La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS), pour l’assemblage et l’annotation de novo de génomes. Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour des différentes étapes qui mèneront à l’obtention d’un génome annoté à partir de données “long reads” et “hybride” : contrôle qualité des données, assemblage, scaffolding, polishing, annotation structurale et fonctionnelle (en session parallèle pour les procaryotes et les eucaryotes).
L’école vise à introduire les concepts, à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur équipe.
Attention : le tutorat n’a pas pour vocation de réaliser l’analyse complète des données des participants.
Public visé
Cette formation est destinée aux biologistes (ingénieurs, doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs, praticiens…) confrontés à l’analyse de données NGS, et qui ne disposent pas des compétences bioinformatiques suffisantes.
Environnement de travail
L’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation de Galaxy.
Modalités d’inscription
Date limite de pré-inscription : 15 mars 2022 (sélection des participants : avril 2022). Si la demande dépasse notre capacité d’accueil (40 places, susceptible d’être adapté en fonction des conditions sanitaires ), le comité d’organisation sélectionnera les participants d’après les informations renseignées dans le formulaire d’inscription (voir le site Web pour la liste des critères). Le degré de maturité du projet scientifique impliquant l’analyse de données de séquençage sera un des critères d’évaluation.
Renseignements : ecole-bioinfo@aviesan.fr
Informations : https://www.france-bioinformatique.fr/formation/ebaii2022_genomique/
Demande d’inscription : https://sondages.inrae.fr/index.php/597694?lang=fr
Compte twitter : https://twitter.com/EBAI_Roscoff
Frais d’inscription : 1000€ HT pour les académiques et EPIC; 2500€ HT pour les industriels.
L’hébergement et la restauration sont inclus. Les frais de transport demeurent à la charge des participants.
Coordination scientifique : Hélène Chiapello (IFB, INRAE), Erwan Corre (CNRS), Rachel Legendre (Institut Pasteur), Matthias Zytnicki (INRAE).
Formateurs et tuteurs : Une trentaine de formateurs et tuteurs provenant des organismes et universités suivants: CNRS, INRAE, Inserm, Institut Pasteur. Avec le soutien de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB) et d’AVIESAN (Alliance Nationale pour les Sciences de la Vie et de la Santé).
Plateformes : IFB core cluster usegalaxy.fr (Evry)
Coordination administrative : Aviesan ITMO GGB, Inserm, IFB.