La Plateforme de Microbiologie Mutualisée (P2M) est ouverte à l’ensemble des laboratoires de référence de l’Institut Pasteur, à Paris et dans le Réseau International. Dans un esprit de mutualisation technologique, P2M regroupe les demandes et permet ainsi l’utilisation en routine, jusqu’ici impossible du séquençage à haut débit multi-pathogènes (NGS par les technologies illumina et Ion Torrent).
Le séquençage est réalisé selon un protocole de fabrication de librairies, unique quel que soit le pathogène (bactéries, virus, champignons ou parasites) concerné. Ce choix permet d’optimiser les délais et, ainsi, d’intégrer cette technologie dans le panel des outils de surveillance microbiologique. Des bio-informaticiens missionnés par le C3BI réalisent les tests de qualification en sortie de séquenceur et peuvent également aider, si besoin, les laboratoires, à la mise en place de routines d’analyse des séquences.
Un extracteur automatique est aussi à la disposition des laboratoires afin de produire, selon un processus rapide et unique, les ADN dédiés à la technologie NGS mais aussi de réaliser l’extraction de grandes séries d’échantillons dans le cadre d’épidémie par exemple. P2M vient d’acquérir un nouvel automate qui permettra rapidement d’augmenter ses capacités de production de séquences. D’autres équipements viennent compléter l’arsenal et peuvent être utilisés en « libre-service » tels la spectrométrie de masse (MALDI-TOF).
La plateforme suit la démarche qualité de l’institut Pasteur et s’inscrit dans le périmètre d’activité du LREMS (Laboratoire de Référence et d’Expertise Multi-site, structure regroupant en une seule entité l’ensemble des CNR, CCOMS du campus et la CIBU).
