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Publication : Bioinformatics (Oxford, England)

Swelfe: a detector of internal repeats in sequences and structures

Équipe: Génomique Évolutive des Microbes
Membre : Eduardo Rocha
Domaines Scientifiques
Maladies
Organismes
Applications
Technique

Publié sur Bioinformatics (Oxford, England) - 16 mai 2008

Abraham AL, Rocha EP, Pothier J

Lien vers Pubmed [PMID] – 18487242

Bioinformatics 2008 Jul;24(13):1536-7

Intragenic duplications of genetic material have important biological roles because of their protein sequence and structural consequences. We developed Swelfe to find internal repeats at three levels. Swelfe quickly identifies statistically significant internal repeats in DNA and amino acid sequences and in 3D structures using dynamic programming. The associated web server also shows the relationships between repeats at each level and facilitates visualization of the results.