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Publication : Nature communications

Orchestrating chromosome conformation capture analysis with Bioconductor.

Équipe: Régulation Spatiale des Génomes
Équipe: Génétique des génomes
Membre : Jacques Serizay
Membre : Amaury Bignaud
Membre : Romain Koszul
Domaines Scientifiques
Maladies
Organismes
Applications
Technique

Publié sur Nature communications - 05 févr. 2024

Serizay J, Matthey-Doret C, Bignaud A, Baudry L, Koszul R

Lien vers Pubmed [PMID] – 38316789

Lien DOI – 10.1038/s41467-024-44761-x

Nat Commun 2024 Feb; 15(1): 1072

Genome-wide chromatin conformation capture assays provide formidable insights into the spatial organization of genomes. However, due to the complexity of the data structure, their integration in multi-omics workflows remains challenging. We present data structures, computational methods and visualization tools available in Bioconductor to investigate Hi-C, micro-C and other 3C-related data, in R. An online book ( https://bioconductor.org/books/OHCA/ ) further provides prospective end users with a number of workflows to process, import, analyze and visualize any type of chromosome conformation capture data.