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Interrogation de bases de données biologiques publiques par reformulation de requêtes et classement des résultats avec ConQuR-Bio

Domaines Scientifiques
Maladies
Organismes
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Technique

Publié sur - 01 Jul 2015

Bryan Brancotte, Bastien Rance, Alain Denise, Sarah Cohen-Boulakia

JOBIM 2015

L’analyse d’expériences bioinformatiques comprend la comparaison des nouveaux résultats obtenus aux données existantes. Durant ces trente dernières années, les scientifiques ont du faire face à une avalanche de données, de différents types, et présentes dans une multitude de bases de données publiques. L’accès aux données publiques se fait par l’interrogation de portails (tels que le portail Entrez du NCBI) au moyen de mots clés. Cependant, deux requêtes très similaires peuvent fournir des ensembles de réponses différents conduisant l’utilisateur à devoir tester différentes reformulations de ses requêtes (termes synonymes, variantes orthographiques, abréviations)…. Les résultats obtenus doivent ensuite être filtrés, comparés… En outre, chaque ensemble de résultats est classé par le portail (en utilisant le nombre d’occurrences du mot-clé dans chaque résultat) …