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Publication : Frontiers in molecular biosciences

Analyzing In Silico the Relationship Between the Activation of the Edema Factor and Its Interaction With Calmodulin.

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Publié sur Frontiers in molecular biosciences - 01 Jan 2020

Pitard I, Monet D, Goossens PL, Blondel A, Malliavin TE,

Lien vers Pubmed [PMID] – 33344505

Lien DOI – 10.3389/fmolb.2020.586544

Front Mol Biosci 2020 ; 7(): 586544

Molecular dynamics (MD) simulations have been recorded on the complex between the edema factor (EF) of Bacilllus anthracis and calmodulin (CaM), starting from a structure with the orthosteric inhibitor adefovir bound in the EF catalytic site. The starting structure has been destabilized by alternately suppressing different co-factors, such as adefovir ligand or ions, revealing several long-distance correlations between the conformation of CaM, the geometry of the CaM/EF interface, the enzymatic site and the overall organization of the complex. An allosteric communication between CaM/EF interface and the EF catalytic site, highlighted by these correlations, was confirmed by several bioinformatics approaches from the literature. A network of hydrogen bonds and stacking interactions extending from the helix V of of CaM, and the residues of the switches A, B and C, and connecting to catalytic site residues, is a plausible candidate for the mediation of allosteric communication. The greatest variability in volume between the different MD conditions was also found for cavities present at the EF/CaM interface and in the EF catalytic site. The similarity between the predictions from literature and the volume variability might introduce the volume variability as new descriptor of allostery.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33344505