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Présentation

De 1978 à 1986, j’ai travaillé dans le domaine de l’immunologie, et plus particulièrement sur la régulation de la synthèse des anticorps. J’ai participé à l’aventure des premiers anticorps monoclonaux. De 1987 à 1995, j’ai travaillé sur le métabolisme des ARN nucléaires, et en particulier à l’épissage des ARN et à leur transport du noyau vers le cytoplasme. De 1995 à 2007, je me suis intéressé aux complexes protéiques, puis de façon plus générale aux réseaux biologiques. Je mets au point une nouvelle manière de cribler des interactions entre protéines dans un système double-hybride. Il devient alors possible sur la base de cartes d’interactions protéiques et d’annotations de la littérature de faire des prédictions de fonction pour des protéines jusqu’alors inconnues. Je valide cette approche dans la levure, et je l’étends ensuite à un génome bactérien (Helicobacter pylori) et enfin aux cellules humaines et à la drosophile. Ces travaux m’amènent à m’intéresser également aux domaines d’interactions entre protéines et à leur caractérisation fonctionnelle.

Par ailleurs, j’ai été un membre actif de la « Human Proteome Organization » (HUPO) de sa création en 2001 à 2014. A ce titre, j’ai participé activement aux discussions initiales autour de la mise en place des méthodes, des outils ou des ressources nécessaires au lancement du « Human Proteome project » (HPP), dont l’objectif est de décrire l’ensemble des protéines humaines tant pour leur activité biochimique que dans le cadre des fonctions biologiques assurées par un individu (au sens d’un système biologique vivant). Lancé en 2009, sur un calendrier de 10 ans, il contribue actuellement à la caractérisation fonctionnelle des quelques 21.000 protéines humaines codées dans le génome humain.

A partir de 2004, je m’intéresse de façon plus globale à l’étude des systèmes complexes vivants, par des approches méthodologiques complémentaires (interdisciplinarité). J’essaie de définir une stratégie combinant des approches expérimentales (entre autre génomique ou protéomique) avec des approches théoriques (modélisation mathématique, formalisation bio-informatique). A mon départ du CEA en 2009, je reprends une réflexion sur la question de la transmission non génétique de caractères phénotypiques, plus particulièrement pour des fonctions biologiques complexes, telles que les fonctions cognitives. Ce projet mûrit progressivement, notamment grâce à des échanges interdisciplinaires et des présentations dans divers contextes : en France, Ecole de Berder du CNRS, Laboratoire de physique théorique (UPMC), Neurosciences (Marseille), Ethologie (Rennes), etc., et à l’Etranger (Congrès de HUPO en Inde et en Chine, réunion à la Fondation BBVA, Bilbao). Un groupe de réflexion interdisciplinaire est créé en 2012, Hercomuse, soutenu par le Réseau National des Systèmes complexes (RNSC)  qui s’intéresse à la notion de transmission non génétique de la capacité à « communiquer musicalement » (communication sonore signifiante) en réfléchissant sur la frontière entre biologie et culture. Ce travail préliminaire a abouti en 2018 au démarrage du projet Intermuse au sein de l’Unité Perception et Mémoire

CV

Nationalité: Française   Diplômes 1981 : Thèse de 3ème cycle, Université Pierre & Marie Curie 1984 : Doctorat d’Etat, Université Pierre & Marie Curie   Prix,  Récompenses et Distinctions 1981 : Lauréat de la Fondation Nationale des Entreprises Publiques (FNEP) 1987 : Lauréat de l’ E.M.B.O. (long term fellowship) 1988 : Lauréat du Fogarty International Center (Award) 1991 : Lauréat de la Fondation de la Recherche Médicale (Prix de Biologie Cellulaire) 2006 : Chevalier de l’Ordre National du Mérite   Situation professionnelle 1975-1979 : Ecole Normale Supérieure (Ulm) 1981-1994 : Chargé de Recherche, CNRS 1987-1988 : Chercheur post-doctoral, Brandeis U.,, Etats-Unis 1989-1994 : Responsable d’un groupe de recherche, Institut Pasteur. 1994-1999 : Directeur de Recherche, 2ème Classe CNRS 1995-1999 : Co-directeur du Laboratoire “Métabolisme des ARN”, Institut Pasteur 1998-2003 : Directeur Scientifique, Hybrigenics 2003- 2006 : Chef du Département de Biologie Joliot-Curie, CEA 2004-2007 : Directeur de Recherche, 1ère Classe, CNRS 2007- 2009 : Directeur des Sciences du Vivant, CEA 2010-2012 : Coordinateur des Sciences du Vivant de l’AERES 2012-2014 : Directeur de la Graduate School de l’Ecole polytechnique 2014-2017 : Directeur du développement, Institut Pasteur 2018-          : Directeur de recherche, Unité Perception et Mémoire, Institut Pasteur   Coordination de recherche en réseau 1995-1999      Coordinateur du Réseau Européen TAPIR (Two-hybrid Analyses of Protein-protein Interactions involved in RNA metabolism ; sept laboratoires européens) 1996-1997      Coordinateur d’Actions Concertées Coordonnées du Ministère de la Recherche (trois laboratoires) 1997-1999      Contrat GIP-HMR (pour l’Institut Pasteur).   Comités d’experts et sociétés scientifiques nationales et internationales 1995-1997      Commission de spécialistes 65 (Paris VI) 2000-2002      Commission de la section 23 du CNRS 2002-2014      Conseil d’administration de HUPO (Human Proteome Organization) : membre, puis secrétaire général (2009-2010), puis vice-président (2011-2012), puis Président (2013-2014) 2002-2007      Conseil d’administration de la SFEAP (Société Française de Protéomique). 2001-2004      Comité Scientifique du réseau de Génomique Fonctionnelle de l’European Science Foundation. 2004     Président du comité d’évaluation du CGM, CNRS, Gif sur Yvette 2005     Président du comité d’évaluation de l’IGM, CNRS et Université Paris XI, Orsay 2006-2007       Membre de comités d’évaluation du 6ème et 7ème PCRD de la Commission Européenne 2006-2007       Membre de deux comités de pilotage de l’ANR (BIOSYS et MIME) 2009-2011 Président du comité d’évaluation ANR  RPIB 2011-2012 Président du comité de pilotage ANR RPIB   Brevets Trois brevets pasteuriens. Ces brevets ont été acceptés et sont en licence à Hybrigenics. Plus de vingt brevets avec Hybrigenics. Certains sont en licence chez des sociétés pharmaceutiques, partenaires d’Hybrigenics.   Création d’entreprise Cofondateur d’Hybrigenics avec D. Strosberg, J. Camonis et R. Benarous sur la base d’une technologie développée dans mon laboratoire à l’Institut Pasteur.   Direction scientifique en entreprise Cinq années comme Directeur scientifique d’Hybrigenics

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