De 1978 à 1986, j’ai travaillé dans le domaine de l’immunologie, et plus particulièrement sur la régulation de la synthèse des anticorps. J’ai participé à l’aventure des premiers anticorps monoclonaux. De 1987 à 1995, j’ai travaillé sur le métabolisme des ARN nucléaires, et en particulier à l’épissage des ARN et à leur transport du noyau vers le cytoplasme. De 1995 à 2007, je me suis intéressé aux complexes protéiques, puis de façon plus générale aux réseaux biologiques. Je mets au point une nouvelle manière de cribler des interactions entre protéines dans un système double-hybride. Il devient alors possible sur la base de cartes d’interactions protéiques et d’annotations de la littérature de faire des prédictions de fonction pour des protéines jusqu’alors inconnues. Je valide cette approche dans la levure, et je l’étends ensuite à un génome bactérien (Helicobacter pylori) et enfin aux cellules humaines et à la drosophile. Ces travaux m’amènent à m’intéresser également aux domaines d’interactions entre protéines et à leur caractérisation fonctionnelle.
Par ailleurs, j’ai été un membre actif de la « Human Proteome Organization » (HUPO) de sa création en 2001 à 2014. A ce titre, j’ai participé activement aux discussions initiales autour de la mise en place des méthodes, des outils ou des ressources nécessaires au lancement du « Human Proteome project » (HPP), dont l’objectif est de décrire l’ensemble des protéines humaines tant pour leur activité biochimique que dans le cadre des fonctions biologiques assurées par un individu (au sens d’un système biologique vivant). Lancé en 2009, sur un calendrier de 10 ans, il contribue actuellement à la caractérisation fonctionnelle des quelques 21.000 protéines humaines codées dans le génome humain.
A partir de 2004, je m’intéresse de façon plus globale à l’étude des systèmes complexes vivants, par des approches méthodologiques complémentaires (interdisciplinarité). J’essaie de définir une stratégie combinant des approches expérimentales (entre autre génomique ou protéomique) avec des approches théoriques (modélisation mathématique, formalisation bio-informatique). A mon départ du CEA en 2009, je reprends une réflexion sur la question de la transmission non génétique de caractères phénotypiques, plus particulièrement pour des fonctions biologiques complexes, telles que les fonctions cognitives. Ce projet mûrit progressivement, notamment grâce à des échanges interdisciplinaires et des présentations dans divers contextes : en France, Ecole de Berder du CNRS, Laboratoire de physique théorique (UPMC), Neurosciences (Marseille), Ethologie (Rennes), etc., et à l’Etranger (Congrès de HUPO en Inde et en Chine, réunion à la Fondation BBVA, Bilbao). Un groupe de réflexion interdisciplinaire est créé en 2012, Hercomuse, soutenu par le Réseau National des Systèmes complexes (RNSC) qui s’intéresse à la notion de transmission non génétique de la capacité à « communiquer musicalement » (communication sonore signifiante) en réfléchissant sur la frontière entre biologie et culture. Ce travail préliminaire a abouti en 2018 au démarrage du projet Intermuse au sein de l’Unité Perception et Mémoire