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    Exemple : +cellule -stem
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Date
02
Sep 2021
Heure
13:00:00
Adresse
2021-09-02 13:00:00 2021-09-02 18:00:00 Europe/Paris Large phylogenies module (COVEME) “Large phylogenies” is a half-day module withing the “Bioinformatics Workshop on Virus Evolution and Molecular Epidemiology”  (VEME)  workshop. This module aims discusses approaches to reconstruct large trees and to perform downstream cluster analyses on […] Anna Zhukova anna.zhukova@pasteur.fr

“Large phylogenies” is a half-day module withing the “Bioinformatics Workshop on Virus Evolution and Molecular Epidemiology”  (VEME)  workshop.

This module aims discusses approaches to reconstruct large trees and to perform downstream cluster analyses on such trees. In includes 4 sessions:

  1. Fast methods for large phylogenies (theory) – Heiko Schmidt
    This part introduces different approaches implemented in software to facilitate the
    reconstruction of large trees with many taxa. The lecture will cover aspects like fast
    methods and parallel computing. It also discusses problems and pitfalls of running such
    analyses.
  2. Partition of large phylogenetic trees (theory) – Anna Zhukova
    The lecture will introduce ancestral character reconstruction and its applications to study
    the evolution of characters along phylogenetic trees, with emphasis on phylogeography and
    detection of geographic clusters of virus spreads.
  3. Inferring large trees: practice – Heiko Schmidt
    Here we will demonstrate and discuss different software and command line options that can
    be useful to reconstruct large trees.
  4. Cluster analysis: practice – Anna Zhukova
    In the practical session we demonstrate the use of PastML to reconstruct the geographic
    spread of a virus by performing an ancestral character reconstruction for sampling locations.
    We will compare different methods and assess the uncertainty of predictions in different
    parts of the tree.