Le travail de notre groupe se concentre sur le développement d’approches intégrées d’imagerie quantitative combinant des expériences, la microscopie/instrumentation et l’analyse d’images. Nous travaillons principalement avec l’imagerie de l’ARN unique pour étudier la régulation de l’ARN à plusieurs échelles spatiales. Les questions biologiques proviennent à la fois de projets internes et de notre réseau de collaborations.notre réseau de collaborations.
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Florian Muller
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Publications
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2024A point cloud segmentation framework for image-based spatial transcriptomics., Commun Biol 2024 Jul; 7(1): 823.
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2024pyHiM: a new open-source, multi-platform software package for spatial genomics based on multiplexed DNA-FISH imaging., Genome Biol 2024 Feb; 25(1): 47.
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2023An interactive murine single-cell atlas of the lung responses to radiation injury., Nat Commun 2023 Apr; 14(1): 2445.
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2023A specific molecular signature in SARS-CoV-2-infected kidney biopsies., JCI Insight 2023 Mar; 8(5): .
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2023PointFISH: Learning Point Cloud Representations for RNA Localization Patterns, Computer Vision – ECCV 2022 Workshops.
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2023Excessive self-grooming, gene dysregulation and imbalance between the striosome and matrix compartments in the striatum of Shank3 mutant mice., Front Mol Neurosci 2023 ; 16(): 1139118.
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2022HT-smFISH: a cost-effective and flexible workflow for high-throughput single-molecule RNA imaging., Nat Protoc 2022 Oct; (): .
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2022FISH-quant v2: a scalable and modular tool for smFISH image analysis., RNA 2022 06; 28(6): 786-795.
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2022Sensitive visualization of SARS-CoV-2 RNA with CoronaFISH., Life Sci Alliance 2022 Apr; 5(4): .
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2022piRNAs initiate transcriptional silencing of spermatogenic genes during C. elegans germline development., Dev Cell 2022 Jan; 57(2): 180-196.e7.
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