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    Exemple : +cellule -stem
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Domaines Scientifiques
Maladies
Organismes
Applications
Technique
Date de Début
06
Dec 2024
Statut
Ongoing
Membres
4
Structures
4

Présentation

OntoWeaver is a tool for importing table data in Semantic Knowledge Graphs (SKG) databases and ontologies.

OntoWeaver allows writing a simple declarative mapping to express how columns from a Pandas table are to be converted as typed nodes or edges in an SKG.

It provides a simple layer of abstraction on top of Biocypher, which remains responsible for doing the ontology alignment, supporting several graph database backends, and allowing reproducible & configurable builds.

With OntoWeaver, you just have to express a mapping in YAML, looking like:

row: # The meaning of an entry in the input table.
  map:
    column: cohort_code
    to_subject: patient
transformers: # How to map cells to nodes and edges.
  - map: # Map a column to a node.
    column: cancer_type
    to_object: disease
    via_relation: has_disease
  - map: # Map a column to a property.
    column: patinet_age
    to_property: age
    for_object: patient
metadata: # Optional properties added to every node and edge.
  - source: "My OntoWeaver adapter"
  - version: "v1.2.3"

And you can easily have a graph looking like:

A large set of colored circles, linked by gray segments.
A large semantic knowledge graph produced by OntoWeaver, about genetic alterations causing cancer, proteins and drugs.

Financements