Je suis chercheur postdoctoral en épidémiologie des maladies infectieuses et en modélisation à l’Institut Pasteur et au Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP) de l’INSERM. Il travaille en étroite collaboration avec Lulla Opatowski, Didier Guillemot et Laura Temime.
Son domaine de recherche se concentre sur l’épidémiologie de la transmission virale et sur la façon dont celle-ci est influencée par la population hôte et les interactions entre les virus.
Saisonnalité et interactions entre les infections respiratoires virales
Les infections respiratoires virales présentent un risque substantiel et saisonnier d’hospitalisation. Les schémas saisonniers de la grippe et du VRS sont bien décrits, mais de nombreux autres virus contribuent à la charge de la maladie. Les interactions entre ces virus au sein de l’hôte peuvent également jouer un rôle dans la forme des épidémies et les conséquences cliniques.
Je travaille actuellement en collaboration avec des chercheurs du FISABIO à Valencia, qui ont collecté plus de 10 ans d’échantillons de patients hospitalisés pour une maladie respiratoire. Ces échantillons ont été analysés à l’aide d’un test multiplex pour détecter la présence de 9 virus (Influenza, VRS, Rhino/entéroviruses, Adenovirus, Bocavirus, Metapneumovirus, Parainfluenza virus, SARS-CoV-2 et coronavirus non-SARS). J’utilise une analyse de forme d’onde pour décrire les schémas saisonniers et des modèles compartimentaux à deux virus pour estimer l’ampleur des interactions entre les paires de virus.
Structure des contacts et risque épidémique dans les établissements de santé
Une compréhension détaillée du risque d’épidémies dans les établissements de santé nécessite une connaissance des schémas de contacts entre les différents utilisateurs de l’hôpital (personnel, patients et visiteurs).
Dans l’étude nodscov2 (pre-print disponible ici, à être publié dans Scientific Reports), des données sur les contacts étroits entre les utilisateurs de l’hôpital ont été collectées à l’aide de capteurs portables. J’ai analysé ces données pour estimer les schémas de contacts globaux et les ai convertis en prédictions de risque épidémique. Nous avons exploré la manière dont ce risque pourrait être réduit en identifiant le personnel et les patients ayant le plus grand nombre d’heures de contact, puis en les ciblant pour des interventions préventives.
Dans le prolongement de ce travail, j’ai utilisé ces données de contact pour explorer des questions fondamentales sur la façon dont les taux de contact augmentent ou restent relativement constants avec l’augmentation de la densité de population.
Estimation du nombre de reproduction de base (R0) du SARS-CoV-2 dans le secteur de la santé
Pendant les premières vagues de la pandémie de COVID-19, j’ai travaillé en étroite collaboration avec le personnel clinique de l’AP-HP pour estimer le potentiel épidémique du SARS-CoV-2 dans une service de soins de longue durée. En utilisant un modèle stochastique pour tenir compte de la petite taille de la population, et un processus d’observation spécifique pour prendre en compte l’échantillonnage irrégulier en raison de la pénurie de tests, nous avons estimé le R0 dans l’ensemble de l’établissement et dans chaque service.
Nous avons également estimé l’ampleur de la réduction du R0 (~85%) attribuée à l’introduction du port généralisé de masques et d’autres précautions de contact.
J’ai également contribué à d’autres modélisations (congé de maladie lié à la pandémie, COVID-19 et résistance aux antibiotiques) et à une étude de revue sur la transmission des maladies dans le secteur de la santé.
Travaux précédents
- Modélisation, travail sur le terrain et évaluation des outils de surveillance à la Clinton Health Access Initiative et au Swiss Tropical and Public Health Institute, dans le cadre des efforts d’élimination du paludisme en Afrique australe.
- Épidémiologie sur le terrain avec Médecins Sans Frontières au Sud-Kivu, en RDC : évaluation des outils de surveillance et fourniture de soutien épidémiologique pour une campagne de vaccination.
- Évaluation de l’efficacité des vaccins contre le poliovirus à l’aide de données de surveillance clinique et environnementale, à l’Imperial College, en collaboration avec l’Organisation mondiale de la santé, l’Initiative mondiale pour l’éradication de la poliomyélite et les gouvernements nationaux du Nigeria et du Pakistan.
- Mesure du coût de fitness des mutations de résistance aux médicaments du VIH-1 à l’aide d’une analyse phylodynamique à l’ETH Zürich.
- Exploration de l’évolution de la virulence du VIH-1 à l’aide de la modélisation et de l’analyse phylodynamique à l’Imperial College et à l’ETH Zürich.