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2000
2000
Name
Position
2015
2020
Johanna Escobar
Administrative Staff
2015
2020
Damien Correia
Research Engineer
2015
2020
Sohta Ishikawa
Post-doc
2015
2020
Kristof Theys
Visiting Scientist
2015
2020
Miraine Davila Felipe
Post-doc
2015
2020
Tomochika Fujisawa
Post-doc
2015
2020
Mathieu Moslonka-Lefebvre
Post-doc
2015
2020
Kary Ocaña
Visiting Scientist
2015
2020
Sebastian Duchene
Visiting Scientist
2015
2020
Tristan Dot
Undergraduate Student
2015
2020
Alfried Vogler
Visiting Scientist
2015
2020
Sokhoun Yann
Visiting Scientist
2015
2020
Nimol Khim
Visiting Scientist

Cours

Evolution and Phylogenetics – Institut Pasteur Tunis

This introductory course aims to give the basic theoretical and practical concepts, best practices, and software necessary to start working on molecular phylogenetics and its applications to epidemiology. The course is a part of […]

2020-12-02 09:00:00 2020-11-06 18:00:00 Europe/Paris Evolution and Phylogenetics – Institut Pasteur Tunis This introductory course aims to give the basic theoretical and practical concepts, best practices, and software necessary to start working on molecular phylogenetics and its applications to epidemiology. The course is a part of […] Institut Pasteur، Tunis, Tunisia

Behind Evolutionary Trees: Mathematics and Algorithms in Phylogenetics – Montevideo 2019

Evolutionary trees are used in many domains, to reveal the function of genes, study the outbreak of epidemics, and set up inventories of biodiversity and its decline, among other things. Phylogenetic software programs for […]

2019-10-22 09:00:00 2019-10-24 17:00:00 Europe/Paris Behind Evolutionary Trees: Mathematics and Algorithms in Phylogenetics – Montevideo 2019 Evolutionary trees are used in many domains, to reveal the function of genes, study the outbreak of epidemics, and set up inventories of biodiversity and its decline, among other things. Phylogenetic software programs for […] Institut Pasteur de Montevideo, Mataojo, Montevideo Montevideo Department, Uruguay

Mathematical and Computational methods for Phylogenetics and Evolutionary Epidemiology – Havana 2019

Mathematical and Computational concepts and models are essentials in new developments of the evolutionary studies related to outbreaks of infectious diseases pandemics.  Predicting, assessing and controlling potential outbreaks are key aspects of the worldwide […]

2019-10-14 09:00:00 2019-10-18 16:00:00 Europe/Paris Mathematical and Computational methods for Phylogenetics and Evolutionary Epidemiology – Havana 2019 Mathematical and Computational concepts and models are essentials in new developments of the evolutionary studies related to outbreaks of infectious diseases pandemics.  Predicting, assessing and controlling potential outbreaks are key aspects of the worldwide […] Institute of Tropical Medicine “Pedro Kourí” (IPK), Havana, Cuba

Introduction à la Phylogénie Moléculaire : Concepts, méthodes et interprétation

Ce cours a pour objectif de donner les bases théoriques et pratiques, ainsi que les bonnes pratiques nécessaires au démarrage de travaux en phylogénie et épidémiologie moléculaires. Les sessions théoriques donneront les bases du […]

2019-10-07 09:30:00 2019-11-11 17:30:00 Europe/Paris Introduction à la Phylogénie Moléculaire : Concepts, méthodes et interprétation Ce cours a pour objectif de donner les bases théoriques et pratiques, ainsi que les bonnes pratiques nécessaires au démarrage de travaux en phylogénie et épidémiologie moléculaires. Les sessions théoriques donneront les bases du […] 28 Rue du Dr Roux, Paris, France

Introduction à l’analyse Bio-informatique de séquences

L’objectif de cette formation est de présenter, au travers de l’utilisation d’outils largement utilisés, quelques grands principes sur l’analyse de séquence. L’ensemble de la formation combine exposés théoriques (fondements méthodologiques des programmes) et applications […]

2019-09-23 09:00:00 2019-09-27 17:00:00 Europe/Paris Introduction à l’analyse Bio-informatique de séquences L’objectif de cette formation est de présenter, au travers de l’utilisation d’outils largement utilisés, quelques grands principes sur l’analyse de séquence. L’ensemble de la formation combine exposés théoriques (fondements méthodologiques des programmes) et applications […] Institut Pasteur, Rue du Docteur Roux, Paris, France

Introduction à la phylogénie moléculaire

Ce cours d’introduction à la phylogénie a pour objectif d’apporter les connaissances théoriques et les bonnes pratiques d’analyse de données par les logiciels de phylogénie. Il est ouvert aux formations doctorales et aux professionnels […]

2019-02-18 09:00:00 2019-02-22 17:00:00 Europe/Paris Introduction à la phylogénie moléculaire Ce cours d’introduction à la phylogénie a pour objectif d’apporter les connaissances théoriques et les bonnes pratiques d’analyse de données par les logiciels de phylogénie. Il est ouvert aux formations doctorales et aux professionnels […] 28 Rue du Dr Roux, Paris, France

Analyse de séquences

OBJECTIFS : Les biologistes sont régulièrement confrontés à des gènes (ou des protéines) de fonctions inconnues ou mal annotés. Dans ce contexte, maîtriser quelques techniques basiques d’analyse de séquences peut se révéler d’une aide […]

2018-03-19 09:30:00 2018-09-23 17:00:00 Europe/Paris Analyse de séquences OBJECTIFS : Les biologistes sont régulièrement confrontés à des gènes (ou des protéines) de fonctions inconnues ou mal annotés. Dans ce contexte, maîtriser quelques techniques basiques d’analyse de séquences peut se révéler d’une aide […] Institut Pasteur, Rue du Docteur Roux, Paris, France

C3BI Course: Introduction to Molecular Phylogenetics – Hong Kong 2018

General Information: This introductory course aims to give the basic theoretical and practical concepts, best practices, and software necessary to start working on molecular phylogenetics and its applications to epidemiology. The course will have […]

2018-10-22 08:00:00 2018-10-27 19:00:00 Europe/Paris C3BI Course: Introduction to Molecular Phylogenetics – Hong Kong 2018 General Information: This introductory course aims to give the basic theoretical and practical concepts, best practices, and software necessary to start working on molecular phylogenetics and its applications to epidemiology. The course will have […] HKU-Pasteur Research Pole HKJC Building for Interdisciplinary Research 5 Sassoon Road, Pokfulam, Hong Kong

INTRODUCTION À LA PHYLOGÉNIE MOLÉCULAIRE : CONCEPTS, METHODES ET OUTILS

Nous proposons une formation classique à la phylogénie moléculaire avec des cours théoriques portant sur les trois méthodes de construction d’arbres phylogénétiques : distance, parcimonie et maximum de vraisemblance. Nous expliquerons les concepts généraux […]

2017-12-18 09:30:00 2017-12-22 17:30:00 Europe/Paris INTRODUCTION À LA PHYLOGÉNIE MOLÉCULAIRE : CONCEPTS, METHODES ET OUTILS Nous proposons une formation classique à la phylogénie moléculaire avec des cours théoriques portant sur les trois méthodes de construction d’arbres phylogénétiques : distance, parcimonie et maximum de vraisemblance. Nous expliquerons les concepts généraux […] 25-28 Rue du Dr Roux, 75015 Paris, France

Projets

(EN)

We head the INCEPTION project for the interdisciplinary studies of the emergence of pathologies through individuals and populations. This large scale project involves nine partners (CNRS, INSERM, INRA, CEA, PSL…) and is funded by the call “Investissements d’Avenir – Convergence” (12 M€ / 10 years). We hold a Chair in PRAIRIE (Paris Artificial Intelligence Research Institute) which brings together the main researchers and teams in AI of Paris. We collaborate with a number of teams at Pasteur and worlwide on several major pathogens, notably HIV, Zika, Influenza and Dengue.

Logiciel

(EN) Our unit aims at developing user-friendly and open-source tools (command-line or web based). These tools are mostly available on our GitHub page, and also usually as Docker images on Docker Hub (along many other tools that we wrapped on Docker containers) and sometimes on Bioconda or pypi.

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