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The phylodynamics of partner notification and contact tracing in HIV epidemics

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We develop phylodynamics models and methods to study viral epidemics, in particular HIV. This new, trendy domain is in between usual mathematical epidemiology, typically based on compartment models, and phylogenetics. The models used in […]
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Renewing Felsenstein’s phylogenetic bootstrap.

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PastML: A Fast Likelihood Method to Reconstruct and Visualize Ancestral Scenarios

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Virogenesis

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New Generation Phylogeny.fr: Refactoring Phylogeny.fr for innovative phylogenetic services Phylogeny.fr is one of the main server available today able to run phylogenetic analysis pipelines. In the context of scientific workflows, none of the workflow […]

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Goalign/Gotree

Frédéric LEMOINE (PI)

Goalign and Gotree are comand line tools aiming at manipulating multiple alignments and phylogenetic trees. They are implemented in Go language. Goalign aims at handling multiple alignments in Phylip, Fasta, Nexus, and Clustal formats, […]
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NGPhylogeny.fr

Olivier Gascuel (PI)

Free, simple to use web service dedicated to reconstructing and analyzing phylogenetic relationships between molecular sequences.
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PastML

Olivier Gascuel (PI)

PastML is a tool for ancestral character reconstruction on phylogenetic trees. The reconstruction of ancestral scenarios is widely used to study the evolution of characters along a phylogenetic tree, for example to infer ancestral […]
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Booster

Olivier Gascuel (PI)

BOOSTER is an alternative method for calculating the branch supports of phylogenetic trees, using the bootstrap. With large trees and moderate phylogenetic signal, BOOSTER tends to be more informative than the standard Felsenstein bootstrap […]

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