Bioinformatique évolutive

Behind Evolutionary Trees: Mathematics and Algorithms in Phylogenetics – Montevideo 2019

Evolutionary trees are used in many domains, to reveal the function of genes, study the outbreak of epidemics, and set up inventories of biodiversity and its decline, among other things. Phylogenetic software programs for […]

Institut Pasteur de Montevideo

Olivier Gascuel

Anna Zhukova

Miraine Davila Felipe

2019-10-22 09:00:00 2019-10-24 17:00:00 Europe/Paris Behind Evolutionary Trees: Mathematics and Algorithms in Phylogenetics – Montevideo 2019 Evolutionary trees are used in many domains, to reveal the function of genes, study the outbreak of epidemics, and set up inventories of biodiversity and its decline, among other things. Phylogenetic software programs for […] Institut Pasteur de Montevideo, Mataojo, Montevideo Montevideo Department, Uruguay

09:00

Oct 2019

Mathematical and Computational methods for Phylogenetics and Evolutionary Epidemiology – Havana 2019

Mathematical and Computational concepts and models are essentials in new developments of the evolutionary studies related to outbreaks of infectious diseases pandemics. Predicting, assessing and controlling potential outbreaks are key aspects of the worldwide […]

Miraine Davila Felipe

2019-10-14 09:00:00 2019-10-18 16:00:00 Europe/Paris Mathematical and Computational methods for Phylogenetics and Evolutionary Epidemiology – Havana 2019 Mathematical and Computational concepts and models are essentials in new developments of the evolutionary studies related to outbreaks of infectious diseases pandemics. Predicting, assessing and controlling potential outbreaks are key aspects of the worldwide […] Institute of Tropical Medicine “Pedro Kourí” (IPK), Havana, Cuba

09:30

Oct 2019

Introduction à la Phylogénie Moléculaire : Concepts, méthodes et interprétation

Ce cours a pour objectif de donner les bases théoriques et pratiques, ainsi que les bonnes pratiques nécessaires au démarrage de travaux en phylogénie et épidémiologie moléculaires. Les sessions théoriques donneront les bases du […]

2019-10-07 09:30:00 2019-11-11 17:30:00 Europe/Paris Introduction à la Phylogénie Moléculaire : Concepts, méthodes et interprétation Ce cours a pour objectif de donner les bases théoriques et pratiques, ainsi que les bonnes pratiques nécessaires au démarrage de travaux en phylogénie et épidémiologie moléculaires. Les sessions théoriques donneront les bases du […] 28 Rue du Dr Roux, Paris, France

09:00

Feb 2019

Introduction à la phylogénie moléculaire

Ce cours d’introduction à la phylogénie a pour objectif d’apporter les connaissances théoriques et les bonnes pratiques d’analyse de données par les logiciels de phylogénie. Il est ouvert aux formations doctorales et aux professionnels […]

Centre de Bioinformatique, Biostatistique et Biologie Intégrative

2019-02-18 09:00:00 2019-02-22 17:00:00 Europe/Paris Introduction à la phylogénie moléculaire Ce cours d’introduction à la phylogénie a pour objectif d’apporter les connaissances théoriques et les bonnes pratiques d’analyse de données par les logiciels de phylogénie. Il est ouvert aux formations doctorales et aux professionnels […] 28 Rue du Dr Roux, Paris, France

09:30

Dec 2017

INTRODUCTION À LA PHYLOGÉNIE MOLÉCULAIRE : CONCEPTS, METHODES ET OUTILS

Nous proposons une formation classique à la phylogénie moléculaire avec des cours théoriques portant sur les trois méthodes de construction d’arbres phylogénétiques : distance, parcimonie et maximum de vraisemblance. Nous expliquerons les concepts généraux […]

2017-12-18 09:30:00 2017-12-22 17:30:00 Europe/Paris INTRODUCTION À LA PHYLOGÉNIE MOLÉCULAIRE : CONCEPTS, METHODES ET OUTILS Nous proposons une formation classique à la phylogénie moléculaire avec des cours théoriques portant sur les trois méthodes de construction d’arbres phylogénétiques : distance, parcimonie et maximum de vraisemblance. Nous expliquerons les concepts généraux […] 25-28 Rue du Dr Roux, 75015 Paris, France

08:00

Oct 2018

C3BI Course: Introduction to Molecular Phylogenetics – Hong Kong 2018

General Information: This introductory course aims to give the basic theoretical and practical concepts, best practices, and software necessary to start working on molecular phylogenetics and its applications to epidemiology. The course will have […]

Pôle de Recherche Université de Hong Kong-Pasteur

2018-10-22 08:00:00 2018-10-27 19:00:00 Europe/Paris C3BI Course: Introduction to Molecular Phylogenetics – Hong Kong 2018 General Information: This introductory course aims to give the basic theoretical and practical concepts, best practices, and software necessary to start working on molecular phylogenetics and its applications to epidemiology. The course will have […] HKU-Pasteur Research Pole HKJC Building for Interdisciplinary Research 5 Sassoon Road, Pokfulam, Hong Kong

Projets

5 Membres

The phylodynamics of partner notification and contact tracing in HIV epidemics

We develop phylodynamics models and methods to study viral epidemics, in particular HIV. This new, trendy domain is in between usual mathematical epidemiology, typically based on compartment models, and phylogenetics. The models used in […]

4 Membres

Renewing Felsenstein’s phylogenetic bootstrap.

The phylogenetic bootstrap was proposed by Joseph Felsenstein more than 30 years ago. This method, based on resampling and replications, is used extensively to assess the robustness of phylogenetic inferences. Its usefulness, simplicity and […]

4 Membres

PastML: A Fast Likelihood Method to Reconstruct and Visualize Ancestral Scenarios

The reconstruction of ancestral scenarios is widely used to study the evolution of characters along a phylogenetic tree, for example to infer ancestral molecular characters and their changes in time, or in phylogeography to […]

2 Membres

Modelling the emergence and transmission of HIV-1 drug resistance mutations

Drug resistance mutations (DRM) emerge in HIV-1 viruses through selective pressure during antiviral treatment (ART). Acquired drug resistance rates vary depending on duration of ART and type of prescribed regimen. Drug resistance can then […]

6 Membres

Virogenesis

Virus discovery and epidemic tracing from high throughput metagenomic sequencing VIROGENESIS is a research project under the EC H2020 framework (2015-2018), that will develop bioinformatics software applications to fully exploit the potential of high-throughput Next-Generation-Sequencing […]

5 Membres

NGPhylogeny.fr

New Generation Phylogeny.fr: Refactoring Phylogeny.fr for innovative phylogenetic services Phylogeny.fr is one of the main server available today able to run phylogenetic analysis pipelines. In the context of scientific workflows, none of the workflow […]

Projet Transversal

INCEPTION – INstitut Convergences pour l’étude de l’Émergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs et des

Désolé, cet article est seulement disponible en Anglais Américain.

Logiciel

2 Membres

Goalign/Gotree

Frédéric LEMOINE (PI)

Goalign and Gotree are comand line tools aiming at manipulating multiple alignments and phylogenetic trees. They are implemented in Go language. Goalign aims at handling multiple alignments in Phylip, Fasta, Nexus, and Clustal formats, […]

3 Membres

NGPhylogeny.fr

Free, simple to use web service dedicated to reconstructing and analyzing phylogenetic relationships between molecular sequences.

3 Membres

PastML

PastML is a tool for ancestral character reconstruction on phylogenetic trees. The reconstruction of ancestral scenarios is widely used to study the evolution of characters along a phylogenetic tree, for example to infer ancestral […]

2 Membres

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