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Membres

Didier Mazel
Responsable de Structure
Responsable
Anciens Membres
2000
2000
Name
Position
2015
2020
Johanna Escobar
Administrative Staff
2015
2020
Damien Correia
Research Engineer
2015
2020
Sohta Ishikawa
Post-doc
2015
2020
Kristof Theys
Visiting Scientist
2015
2020
Miraine Davila Felipe
Post-doc
2015
2020
Tomochika Fujisawa
Post-doc
2015
2020
Mathieu Moslonka-Lefebvre
Post-doc
2015
2020
Kary Ocaña
Visiting Scientist
2015
2020
Sebastian Duchene
Visiting Scientist
2015
2020
Tristan Dot
Undergraduate Student
2015
2020
Alfried Vogler
Visiting Scientist
2015
2020
Sokhoun Yann
Visiting Scientist
2015
2020
Nimol Khim
Visiting Scientist
(EN) 2019
(EN) 2020
(EN) Antoine Verdon
(EN) Trainee
(EN) 2019
(EN) 2020
(EN) Thomas Holer
(EN) Trainee
(EN) 2019
(EN) 2020
(EN) Jonathan Mitchell
(EN) Post-doc
(EN) 2019
(EN) 2020
(EN) Tae-Kun Seo
(EN) Visiting Scientist
(EN) 2016
(EN) 2020
(EN) Olivier Gascuel
(EN) PI
(EN) 2020
(EN) 2020
(EN) Andrew Holtz
(EN) Trainee
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Cours
Molecular evolution and phylogenetics module (IBT 2020 H3ABioNet)
The Molecular evolution and phylogenetics is a 4-session module of the Introduction to Bioinformatics Training 2020 (IBT) organised by Pan African Bioinformatics Network for the Human Heredity and Health in Africa (H3ABioNet) consortium. It […]
2020-07-28 09:00:00
2020-08-06 17:00:00
Europe/Paris
Molecular evolution and phylogenetics module (IBT 2020 H3ABioNet)
The Molecular evolution and phylogenetics is a 4-session module of the Introduction to Bioinformatics Training 2020 (IBT) organised by Pan African Bioinformatics Network for the Human Heredity and Health in Africa (H3ABioNet) consortium. It […]
Africa
minicourse Introduction to Phylogenetics – CentraleSupélec
The ‘Introduction to Phylogenetics’ was taught as a part of a course on mathematical modeling for biology for CentraleSupélec students. It introduced the mathematics and algorithms used for phylogenetic tree inference (with distance and […]
2018-12-18 13:45:00
2018-12-18 17:00:00
Europe/Paris
minicourse Introduction to Phylogenetics – CentraleSupélec
The ‘Introduction to Phylogenetics’ was taught as a part of a course on mathematical modeling for biology for CentraleSupélec students. It introduced the mathematics and algorithms used for phylogenetic tree inference (with distance and […]
Centralesupélec, Rue Joliot Curie, Gif-sur-Yvette, France
Introduction to Molecular Phylogenetics – ENS Paris
Introduction to Molecular Phylogenetics course aims to give the basic theoretical and practical concepts, best practices, and software necessary to start working on molecular phylogenetics and its applications to epidemiology. The course will have […]
2020-12-14 09:00:00
2020-12-18 18:00:00
Europe/Paris
Introduction to Molecular Phylogenetics – ENS Paris
Introduction to Molecular Phylogenetics course aims to give the basic theoretical and practical concepts, best practices, and software necessary to start working on molecular phylogenetics and its applications to epidemiology. The course will have […]
Ens Ulm, Rue d'Ulm, Paris, France
Behind Evolutionary Trees: Mathematics and Algorithms in Phylogenetics – Montevideo 2019
Evolutionary trees are used in many domains, to reveal the function of genes, study the outbreak of epidemics, and set up inventories of biodiversity and its decline, among other things. Phylogenetic software programs for […]
2019-10-22 09:00:00
2019-10-24 17:00:00
Europe/Paris
Behind Evolutionary Trees: Mathematics and Algorithms in Phylogenetics – Montevideo 2019
Evolutionary trees are used in many domains, to reveal the function of genes, study the outbreak of epidemics, and set up inventories of biodiversity and its decline, among other things. Phylogenetic software programs for […]
Institut Pasteur de Montevideo, Mataojo, Montevideo Montevideo Department, Uruguay
Mathematical and Computational methods for Phylogenetics and Evolutionary Epidemiology – Havana 2019
Mathematical and Computational concepts and models are essentials in new developments of the evolutionary studies related to outbreaks of infectious diseases pandemics. Predicting, assessing and controlling potential outbreaks are key aspects of the worldwide […]
2019-10-14 09:00:00
2019-10-18 16:00:00
Europe/Paris
Mathematical and Computational methods for Phylogenetics and Evolutionary Epidemiology – Havana 2019
Mathematical and Computational concepts and models are essentials in new developments of the evolutionary studies related to outbreaks of infectious diseases pandemics. Predicting, assessing and controlling potential outbreaks are key aspects of the worldwide […]
Institute of Tropical Medicine “Pedro Kourí” (IPK), Havana, Cuba
Introduction à la Phylogénie Moléculaire : Concepts, méthodes et interprétation
Ce cours a pour objectif de donner les bases théoriques et pratiques, ainsi que les bonnes pratiques nécessaires au démarrage de travaux en phylogénie et épidémiologie moléculaires. Les sessions théoriques donneront les bases du […]
2019-10-07 09:30:00
2019-11-11 17:30:00
Europe/Paris
Introduction à la Phylogénie Moléculaire : Concepts, méthodes et interprétation
Ce cours a pour objectif de donner les bases théoriques et pratiques, ainsi que les bonnes pratiques nécessaires au démarrage de travaux en phylogénie et épidémiologie moléculaires. Les sessions théoriques donneront les bases du […]
28 Rue du Dr Roux, Paris, France
Introduction à l’analyse Bio-informatique de séquences
L’objectif de cette formation est de présenter, au travers de l’utilisation d’outils largement utilisés, quelques grands principes sur l’analyse de séquence. L’ensemble de la formation combine exposés théoriques (fondements méthodologiques des programmes) et applications […]
2019-09-23 09:00:00
2019-09-27 17:00:00
Europe/Paris
Introduction à l’analyse Bio-informatique de séquences
L’objectif de cette formation est de présenter, au travers de l’utilisation d’outils largement utilisés, quelques grands principes sur l’analyse de séquence. L’ensemble de la formation combine exposés théoriques (fondements méthodologiques des programmes) et applications […]
Institut Pasteur, Rue du Docteur Roux, Paris, France
Introduction à la phylogénie moléculaire
Ce cours d’introduction à la phylogénie a pour objectif d’apporter les connaissances théoriques et les bonnes pratiques d’analyse de données par les logiciels de phylogénie. Il est ouvert aux formations doctorales et aux professionnels […]
2019-02-18 09:00:00
2019-02-22 17:00:00
Europe/Paris
Introduction à la phylogénie moléculaire
Ce cours d’introduction à la phylogénie a pour objectif d’apporter les connaissances théoriques et les bonnes pratiques d’analyse de données par les logiciels de phylogénie. Il est ouvert aux formations doctorales et aux professionnels […]
28 Rue du Dr Roux, Paris, France
Analyse de séquences
OBJECTIFS : Les biologistes sont régulièrement confrontés à des gènes (ou des protéines) de fonctions inconnues ou mal annotés. Dans ce contexte, maîtriser quelques techniques basiques d’analyse de séquences peut se révéler d’une aide […]
2018-03-19 09:30:00
2018-09-23 17:00:00
Europe/Paris
Analyse de séquences
OBJECTIFS : Les biologistes sont régulièrement confrontés à des gènes (ou des protéines) de fonctions inconnues ou mal annotés. Dans ce contexte, maîtriser quelques techniques basiques d’analyse de séquences peut se révéler d’une aide […]
Institut Pasteur, Rue du Docteur Roux, Paris, France
C3BI Course: Introduction to Molecular Phylogenetics – Hong Kong 2018
General Information: This introductory course aims to give the basic theoretical and practical concepts, best practices, and software necessary to start working on molecular phylogenetics and its applications to epidemiology. The course will have […]
2018-10-22 08:00:00
2018-10-27 19:00:00
Europe/Paris
C3BI Course: Introduction to Molecular Phylogenetics – Hong Kong 2018
General Information: This introductory course aims to give the basic theoretical and practical concepts, best practices, and software necessary to start working on molecular phylogenetics and its applications to epidemiology. The course will have […]
HKU-Pasteur Research Pole HKJC Building for Interdisciplinary Research 5 Sassoon Road, Pokfulam, Hong Kong
INTRODUCTION À LA PHYLOGÉNIE MOLÉCULAIRE : CONCEPTS, METHODES ET OUTILS
Nous proposons une formation classique à la phylogénie moléculaire avec des cours théoriques portant sur les trois méthodes de construction d’arbres phylogénétiques : distance, parcimonie et maximum de vraisemblance. Nous expliquerons les concepts généraux […]
2017-12-18 09:30:00
2017-12-22 17:30:00
Europe/Paris
INTRODUCTION À LA PHYLOGÉNIE MOLÉCULAIRE : CONCEPTS, METHODES ET OUTILS
Nous proposons une formation classique à la phylogénie moléculaire avec des cours théoriques portant sur les trois méthodes de construction d’arbres phylogénétiques : distance, parcimonie et maximum de vraisemblance. Nous expliquerons les concepts généraux […]
25-28 Rue du Dr Roux, 75015 Paris, France
Projets
We head the INCEPTION project for the interdisciplinary studies of the emergence of pathologies through individuals and populations. This large scale project involves nine partners (CNRS, INSERM, INRA, CEA, PSL…) and is funded by the call “Investissements d’Avenir – Convergence” (12 M€ / 10 years). We hold a Chair in PRAIRIE (Paris Artificial Intelligence Research Institute) which brings together the main researchers and teams in AI of Paris. We collaborate with a number of teams at Pasteur and worlwide on several major pathogens, notably HIV, Zika, Influenza and Dengue.
Projet Transversal
Logiciel
Our unit aims at developing user-friendly and open-source tools (command-line or web based). These tools are mostly available on our GitHub page, and also usually as Docker images on Docker Hub (along many other tools that we wrapped on Docker containers) and sometimes on Bioconda or pypi.
Financements
Publications
Télécharger-
2020Zhukova A, Blassel L, Lemoine F, Morel M, Voznica J, Gascuel O, Origin, evolution and global spread of SARS-CoV-2, Comptes Rendus Biologies 2020; 20 p.
-
2020Oprea M, Njamkepo E, Cristea D, Zhukova A, Clark CG, Kravetz AN, Monakhova E, Ciontea AS, Cojocaru R, Rauzier J, Damian M, Gascuel O, Quilici ML, Weill FX, , The seventh pandemic of cholera in Europe revisited by microbial genomics., Nat Commun 2020 10; 11(1): 5347.
-
2020Lemoine F, Blassel L, Voznica J, Gascuel O, , COVID-Align: Accurate online alignment of hCoV-19 genomes using a profile HMM., Bioinformatics 2020 Oct; (): .
-
2020Keating SM, Waltemath D, König M, Zhang F, Dräger A, Chaouiya C, Bergmann FT, Finney A, Gillespie CS, Helikar T, Hoops S, Malik-Sheriff RS, Moodie SL, Moraru II, Myers CJ, Naldi A, Olivier BG, Sahle S, Schaff JC, Smith LP, Swat MJ, Thieffry D, Watanabe L, Wilkinson DJ, Blinov ML, Begley K, Faeder JR, Gómez HF, Hamm TM, Inagaki Y, Liebermeister W, Lister AL, Lucio D, Mjolsness E, Proctor CJ, Raman K, Rodriguez N, Shaffer CA, Shapiro BE, Stelling J, Swainston N, Tanimura N, Wagner J, Meier-Schellersheim M, Sauro HM, Palsson B, Bolouri H, Kitano H, Funahashi A, Hermjakob H, Doyle JC, Hucka M, SBML Level 3 Community members , SBML Level 3: an extensible format for the exchange and reuse of biological models., Mol. Syst. Biol. 2020 Aug; 16(8): e9110.
-
2020Faye O, de Lourdes Monteiro M, Vrancken B, Prot M, Lequime S, Diarra M, Ndiaye O, Valdez T, Tavarez S, Ramos J, da Veiga Leal S, Pires C, Moreira A, Tavares MF, Fernandes L, Barreto JN, do Céu Teixeira M, de Lima Mendonça MDL, Gomes CCDSL, Castellon MS, Ma L, Lemoine F, Gámbaro-Roglia F, Delaune D, Fall G, Fall IS, Diop M, Sakuntabhai A, Loucoubar C, Lemey P, Holmes EC, Faye O, Sall AA, Simon-Loriere E, , Genomic Epidemiology of 2015-2016 Zika Virus Outbreak in Cape Verde., Emerging Infect. Dis. 2020 Jun; 26(6): 1084-1090.
-
2020Zhukova A, Gascuel O, Duchene S, Ayres D, Lemey P & Baele G, Efficiently Analysing Large Viral Data Sets in Computational Phylogenomics, In Phylogenetics in the Genomic Era, Scornavacca C Delsuc F & Galtier N (eds). 2020; 5.3:1--5.3:43.
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2019Gascuel O, Steel M, A Darwinian Uncertainty Principle, Syst. Biol. 2019 Aug;.
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2019Chevenet F, Castel G, Jousselin E, Gascuel O, PastView: a user-friendly interface to explore ancestral scenarios, BMC Evol. Biol. 2019 08;19(1):163.
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2019Lemoine F, Correia D, Lefort V, Doppelt-Azeroual O, Mareuil F, Cohen-Boulakia S, Gascuel O, NGPhylogeny.fr: new generation phylogenetic services for non-specialists, Nucleic Acids Res. 2019 Jul;47(W1):W260-W265.
-
2019Ishikawa SA, Zhukova A, Iwasaki W, Gascuel O, A Fast Likelihood Method to Reconstruct and Visualize Ancestral Scenarios, Mol. Biol. Evol. 2019 Sep;36(9):2069-2085.
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