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Publication : Journal of Open Source Software

‘Sequana’: a Set of Snakemake NGS pipelines

Domaines Scientifiques
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Publié sur Journal of Open Source Software - 01 Oct 2017

Thomas Cokelaer, Dimitri Desvillechabrol, Rachel Legendre, Mélissa Cardon

Cokelaer et al., (2017). 'Sequana': a Set of Snakemake NGS pipelines. Journal of Open Source Software, 2(16), 352, doi:10.21105/joss.00352

Sequana is a Python-based software dedicated to the development of Next Generation Sequencing (NGS) pipelines. We use the Snakemake (Köster and Rahmann 2012) framework to design our pipelines, which eases the decomposition of pipelines into modular sub-units. We currently have 7 pipelines covering quality control, variant calling, long-reads quality, de-novo and RNA-seq analysis (see https://sequana.readthedocs.io for details). Our pipelines are associated with HTML reports based on JINJA templating and Javascript. The reports are used to store the results of a pipelines but also materials required to reproduce the results. Sequana is also a Python library that provides tools to perform various analysis tasks (e.g., variant call filtering). Some of the library components provide original tools that are also available as standalone applications. For instance a fast taxonomic analysis based on Kraken (Wood and Salzberg 2014) as well as a tool to perform exhaustive coverage analysis (Desvillechabrol et al. 2016)

See sequana.readthedocs.io for details

sequana snapshot of sequanix, NGS pipeline, sequana_coverage

http://joss.theoj.org/papers/10.21105/joss.00352