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Publication : F1000Research

Recommendations for the packaging and containerizing of bioinformatics software

Domaines Scientifiques
Maladies
Organismes
Applications
Technique

Publié sur F1000Research - 14 Jun 2018

Bjorn Gruening , Olivier Sallou , Pablo Moreno , Felipe da Veiga Leprevost , Hervé Ménager , Dan Søndergaard , Hannes Röst , Timo Sachsenberg , Brian O'Connor , Fábio Madeira , Victoria Dominguez Del Angel , Michael R. Crusoe , Susheel Varma , Daniel Blankenberg , Rafael C. Jimenez , BioContainers Community , Yasset Perez-Riverol

F1000Research 2018, 7(ELIXIR):742

Software Containers are changing the way scientists and researchers develop,
deploy and exchange scientific software. They allow labs of all sizes to easily
install bioinformatics software, maintain multiple versions of the same software
and combine tools into powerful analysis pipelines. However, containers and
software packages should be produced under certain rules and standards in
order to be reusable, compatible and easy to integrate into pipelines and
analysis workflows. Here, we presented a set of recommendations developed
by the BioContainers Community to produce standardized bioinformatics
packages and containers. These recommendations provide practical guidelines
to make bioinformatics software more discoverable, reusable and transparent.
They are aimed to guide developers, organisations, journals and funders to
increase the quality and sustainability of research software.
https://doi.org/10.12688/f1000research.15140.1