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Publication : Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology

Modeling alternate RNA structures in genomic sequences

Domaines Scientifiques
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Publié sur Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology - 01 Mar 2015

Saffarian A, Giraud M, Touzet H

Lien vers Pubmed [PMID] – 25768235

J. Comput. Biol. 2015 Mar;22(3):190-204

We introduce the concept of RNA multistructures, which is a formal grammar-based framework specifically designed to model a set of alternate RNA secondary structures. Such alternate structures can either be a set of suboptimal foldings, or distinct stable folding states, or variants within an RNA family. We provide several such examples and propose an efficient algorithm to search for RNA multistructures within a genomic sequence.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25768235