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© Structural Dynamics Of Macromolecules
The structure of a bacterial analog of the nicotinic receptor (one color per subunit) inserted into the cell membrane (grey and orange). A representation of the volume accessible to ions is shown in yellow.
Publication : Nucleic acids research

MinActionPath2: path generation between different conformations of large macromolecular assemblies by action minimization.

Domaines Scientifiques
Maladies
Organismes
Applications
Technique

Publié sur Nucleic acids research - 23 mai 2024

Koehl P, Navaza R, Tekpinar M, Delarue M

Lien vers Pubmed [PMID] – 38783081

Lien vers HAL – Cliquez ici

Lien DOI – 10.1093/nar/gkae421

Nucleic Acids Res 2024 May; ():

Recent progress in solving macromolecular structures and assemblies by cryogenic electron microscopy techniques enables sampling of their conformations in different states that are relevant to their biological function. Knowing the transition path between these conformations would provide new avenues for drug discovery. While the experimental study of transition paths is intrinsically difficult, in-silico methods can be used to generate an initial guess for those paths. The Elastic Network Model (ENM), along with a coarse-grained representation (CG) of the structures are among the most popular models to explore such possible paths. Here we propose an update to our software platform MinActionPath that generates non-linear transition paths based on ENM and CG models, using action minimization to solve the equations of motion. The new website enables the study of large structures such as ribosomes or entire virus envelopes. It provides direct visualization of the trajectories along with quantitative analyses of their behaviors at http://dynstr.pasteur.fr/servers/minactionpath/ minactionpath2_submission.