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© Charles Dauguet
Virus VIH-1 (HIV-1), agent du sida, à la surface d'un lymphocyte. Image colorisée.
Publication : AIDS research and human retroviruses

HIV type 1 diversity and the reliability of the heteroduplex mobility assay

Domaines Scientifiques
Maladies
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Technique

Publié sur AIDS research and human retroviruses - 01 Jul 1998

Loussert-Ajaka I, Menu E, Apetrei C, Peeters M, Damond F, Mauclère P, Eberle J, Brengues C, Saragosti S, Barré-Sinoussi F, Brun-Vézinet F, Simon F

Lien vers Pubmed [PMID] – 9671216

AIDS Res. Hum. Retroviruses 1998 Jul;14(10):877-83

We investigated HIV-1 diversity by means of heteroduplex mobility assay (HMA) genotyping. We studied 199 samples from patients originating from 26 countries and living in France. The HMA successfully genotyped 182 (91%) of these samples, as follows: 77 (42%) subtype A, 57 (31%) subtype B, 5 (3%) subtype C, 5 (3%) subtype D, 8 (4%) subtype E, 22 (12%) subtype F, 5 (3%) subtype G, and 3 (2%) subtype H. We were not able to genotype 12 samples by means of the HMA. These latter strains were sequenced, and phylogenetic analyses revealed that they were highly divergent subtype A-, D-, or G-related strains. Eight (of 12) subtype D strains were indeterminate by HMA, owing to the broad intrasubtype diversity, suggesting that new reference subtype D plasmids are required, as previously proposed. Thirty-seven strains belonging to the different subtypes were sequenced, and the results showed perfect concordance with the HMA results. Interlaboratory quality controls confirmed the reliability of the HMA for HIV-1 subtyping, despite the extensive viral variability. However, plasmid selection must be continuously revised to cover viral diversification.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9671216