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Publication : Bioinformatics (Oxford, England)

Genoscape: a Cytoscape plug-in to automate the retrieval and integration of gene expression data and molecular networks

Domaines Scientifiques
Maladies
Organismes
Applications
Technique

Publié sur Bioinformatics (Oxford, England) - 03 Aug 2009

Clément-Ziza M, Malabat C, Weber C, Moszer I, Aittokallio T, Letondal C, Rousseau S

Lien vers Pubmed [PMID] – 19654116

Bioinformatics 2009 Oct;25(19):2617-8

Genoscape is an open-source Cytoscape plug-in that visually integrates gene expression data sets from GenoScript, a transcriptomic database, and KEGG pathways into Cytoscape networks. The generated visualisation highlights gene expression changes and their statistical significance. The plug-in also allows one to browse GenoScript or import transcriptomic data from other sources through tab-separated text files. Genoscape has been successfully used by researchers to investigate the results of gene expression profiling experiments.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19654116