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© Mart Krupovic, Junfeng Liu
Scanning electron micrograph of Saccharolobus islandicus cells (light blue) infected with the lemon-shaped virus STSV2 (yellow). Artistic rendering by Ala Krupovic.
Publication : Environmental microbiology

Diverse viruses of marine archaea discovered using metagenomics.

Domaines Scientifiques
Maladies
Organismes
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Technique

Publié sur Environmental microbiology - 17 Nov 2022

Zhou Y, Zhou L, Yan S, Chen L, Krupovic M, Wang Y,

Lien vers Pubmed [PMID] – 36385454

Lien DOI – 10.1111/1462-2920.16287

Environ Microbiol 2022 Nov; ():

During the past decade, metagenomics became a method of choice for discovery of novel viruses. However, host assignment for uncultured viruses remains challenging, especially for archaeal viruses, which are grossly undersampled compared to viruses of bacteria and eukaryotes. Here, we assessed the utility of CRISPR spacer targeting, tRNA gene matching and homology searches for viral signature proteins, such as major capsid proteins, for assignment of archaeal hosts and validated these approaches on metaviromes from Yangshan Harbor (YSH). We report 35 new genomes of viruses which could be confidently assigned to hosts representing diverse lineages of marine archaea. We show that the archaeal YSH virome is highly diverse, with some viruses enriching the previously described virus groups, such as magroviruses of Marine Group II Archaea (Poseidoniales), and others representing novel groups of marine archaeal viruses. Metagenomic recruitment of Tara Oceans datasets on the YSH viral genomes demonstrated the presence of YSH magroviruses and Poseidoniales viruses in the global oceans, but also revealed the endemic YSH-specific viral lineages. Furthermore, our results highlight the relationship between the soil and marine thaumarchaeal viruses. We propose three new families within the class Caudoviricetes for the classification of the five complete viral genomes predicted to replicate in marine Poseidoniales and Nitrososphaeria, two ecologically important and widespread archaeal groups. This study illustrates the utility of viral metagenomics in exploring the archaeal virome and provides new insights into the diversity, distribution and evolution of marine archaeal viruses. This article is protected by copyright. All rights reserved.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36385454