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Publication : Vector borne and zoonotic diseases (Larchmont, N.Y.)

A real-time RT-PCR method for the universal detection and identification of flaviviruses

Domaines Scientifiques
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Technique

Publié sur Vector borne and zoonotic diseases (Larchmont, N.Y.) - 01 janv. 2007

Moureau G, Temmam S, Gonzalez JP, Charrel RN, Grard G, de Lamballerie X

Lien vers Pubmed [PMID] – 18020965

Vector Borne Zoonotic Dis. 2007;7(4):467-77

Here we describe an optimized molecular protocol for the universal detection and identification of flaviviruses. It combines the convenient real-time polymerase chain reaction (PCR) format with a broad spectrum of flavivirus detection. This assay, based on the amplification of a 269-272 nt (depending on the flavivirus tested) region at the N terminal end of the NS5 gene, enabled the amplification of 51 flavivirus species and 3 tentative species. Sequencing of the amplicons produced by reverse transcriptase (RT)-PCR permitted the reliable taxonomic identification of flavivirus species by comparison with reference sequences available in databases, using either the BLASTN algorithm or a simple phylogenetic reconstruction. The limit of detection of the assay (2-20,500 copies/reaction depending on the virus tested) allowed the detection of different flaviviruses from a series of human sera or veterinary samples. Altogether, the characteristics of this technique make it a good candidate for the identification of previously identified flaviviruses in cell culture and the investigation of field samples, and also a promising tool for the discovery and identification of new species, including viruses distantly related to “classical” arthropod-borne flaviviruses.