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© Institut Pasteur/Antoinette Ryter
Salmonella spp. Bactéries à Gram négatif, aérobies ou anaérobies facultatifs à transmission orofécale. Les salmonelles majeures (sérotype typhi et sérotype paratyphi) sont responsables des fièvres typhoïde et paratyphoïde chez l'homme uniquement ; les salmonelles mineures (sérotype typhimurium et sérotype enteritidis) sont impliquées dans 30 à 60 % des gastroentérites et toxiinfections d'origine alimentaire. Image colorisée.
Domaines Scientifiques
Maladies
Organismes
Applications
Technique
Date de Début
01
Mar 2016
Date de Fin
21
Mar 2016
Statut
Completed
Membres
13
Structures
9
Instituts
4

Présentation

L’agent de la dysenterie épidémique, la bactérie Shigella dysenteriae de type 1, a été isolé au Japon en 1897 par le Dr Kyoshi Shiga au cours d’une vaste épidémie de diarrhée sanglante ayant provoqué 20 000 morts en l’espace de six mois. Depuis, les souches ont été isolées aux quatre coins du monde, sans qu’il ne soit possible de comprendre l’origine des épidémies auxquelles elles ont donné naissance, et leurs liens qui les unissent.

Pour répondre à cette question, nous avons coordonné une enquête génomique sans précédent. Ce travail en collaboration avec le Wellcome Trust Sanger Institute et de très nombreux partenaires internationaux a fait appel aux nouvelles technologies de séquençage du génome bactérien et de bioinformatique. Nous avons ainsi analysé  plus de 330 souches de Shigella dysenteriae type 1 isolées de 1915 – chez des soldats du corps expéditionnaire des Dardanelles – à 2011 et collectées par 35 instituts internationaux dans 66 pays.

Contrairement aux idées reçues, l’étude révèle notamment que le pathogène Shigella dysenteriae type 1 sévissant actuellement en Afrique et en Asie est probablement d’origine européenne. Les lignées les plus ancestrales ayant circulé en Europe au cours de la première partie du XXe siècle, leur ancêtre commun existait déjà dans les années 1740, et il pourrait donc être le responsable des violentes épidémies de diarrhées sanglantes décrites au cours du XVIIIe et XIXe siècle en Europe de l’Ouest et du Nord, et ce bien avant l’avènement des travaux de Louis Pasteur et de la microbiologie. Ces épidémies de dysenterie tuèrent plus de 200 000 personnes en France en 1738-1742 et 1779 notamment, et 35 000 en Suède en 1770-1775. Au XIXe siècle, l’Irlande a également été sévèrement touchée lors de la grande famine de 1846-1849 et la France de nouveau lors de la guerre de 1870.

Arbre phylogénétique et voies de transmission de Shigella dysenteriae de type 1. Nature microbiology. DOI: 10.1038/NMICROBIOL.2016.27
Arbre phylogénétique et voies de transmission de Shigella dysenteriae de type 1.
Nature microbiology. DOI: 10.1038/NMICROBIOL.2016.27

Un pathogène qui profite de l’expansion européenne. En identifiant différentes lignées génétiques, nous avons pu retracer le cheminement de la bactérie à l’échelle mondiale au cours du temps. En l’espace de moins de 20 ans, entre 1889 et 1903, S. dysenteriae type 1, partant vraisemblablement d’Europe, s’est implantée en Amérique, en Afrique et en Asie. Cette dissémination a probablement bénéficié des mouvements de populations dues à l’émigration européenne en Amérique ainsi qu’à la colonisation de différents territoires en Afrique et en Asie. L’ensemble a en outre été certainement favorisé par la marine à vapeur et l’ouverture du Canal de Suez en 1869. Au XXe siècle, la bactérie est une nouvelle fois identifiée en Europe lors du premier conflit mondial, en particulier lors de l’expédition des Dardanelles (1915-1916), où elle contribua grandement à la défaite des troupes alliées. Elle est également retrouvée en Europe centrale, lors de la seconde guerre mondiale, avant de disparaître du continent. En revanche, elle continue son expansion en Asie, en Afrique et en Amérique centrale sous formes de flambées épidémiques violentes (500 000 cas pour l’épidémie d’Amérique centrale de 1969-1972). Le foyer du sous-continent Indien (Inde et Bengladesh) deviendra par la suite le plus actif tout au long du XXe siècle et sera la source de plusieurs vagues épidémiques vers l’Afrique et l’Asie du Sud Est.

En l’espace de 25 ans (1965-1990), 99% des souches sont devenues résistantes aux antibiotiques. L’étude de la collection, dont les premières bactéries ont été isolées bien avant l’utilisation des antibiotiques chez l’homme, a également permis de dater précisément l’apparition des premières résistances aux antibiotiques au milieu des années 1960 en Asie et en Amérique. La bactérie a ensuite accumulé des gènes de résistance vis-à-vis de la plupart des classes d’antibiotiques, et depuis les années 1990, moins de 1% des souches bactériennes restent sensibles aux antibiotiques. Le bacille de Shiga circulant dans les mêmes zones que ces gènes de résistance, nous pensons que l’apparition de bactéries résistantes aux dernières classes d’antibiotiques est aujourd’hui inéluctable. Cependant, ce pessimisme peut être tempéré par une plus grande rareté de l’infection depuis 2010, y compris en Asie du Sud et en Afrique. Mais si la bactérie n’est plus désormais isolée lors de vagues épidémiques, elle est toujours retrouvée lors d’enquêtes de terrain comme celle réalisée par Médecins sans Frontières au Niger en 2011 chez des enfants diarrhéiques. Pour le Dr François-Xavier Weill, responsable de cette étude le bacille de Shiga circule donc encore a bas bruit et pourrait être de nouveau responsable d’épidémies s’il devait rencontrer des circonstances propices, comme un rassemblement important de personnes sans accès à l’eau potable ni traitement des déchets humains. Selon lui, cette étude souligne la nécessité d’un vaccin efficace, qui s’impose comme un moyen de contrôle plus sûr à l’avenir que l’utilisation des antibiotiques.

Ce travail a été publié dans journal Nature Microbiology et il peut être lu en utilisant le lien suivant

http://rdcu.be/gU1g

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