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© Tessa Quax, David Prangishvili, Gerard Pehau-Arnaudet, Jean-Marc Panaud
VAPs (virus-associated pyramids) formed by the Sulfolobus islandicus rod-shaped virus 2 (SIRV2) in cells of its hyperthermophilic archaeal host. Negative contrast electron micrography.
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Présentation

Le vivant est composé de trois grands domaines : les Bactéries, les Archées et les Eucaryotes. Cette division résulte d’une longue évolution, dans laquelle les éléments génétiques mobiles (EGMs), comme les virus, ont largement contribués, alors qu’ils n’y sont traditionnellement pas intégrés. Mon projet est de reconstruire l’histoire évolutive des EGMs associés aux Archées, de la comparer, et de l’intégrer dans l’histoire de leurs hôtes. Afin de mieux comprendre l’impact qu’ils ont eu sur l’histoire de leur hôte. Pour cela, il est nécessaire d’avoir une histoire évolutive des Archées robuste. Or, cette histoire à récemment été remise en question. L’un des débats majeurs de la Biologie fondamentale, qui en découle repose sur l’origine des Eucaryotes. Pour certains, les Archées et les Eucaryotes sont deux groupes évolutivement distincts, tandis que pour d’autres, les Eucaryotes proviennent d’un ancêtre archéen.  Afin de construire une solide représentation de leur évolution. Je chercherai les raisons biologiques ou techniques de ses deux hypothèses, et je confronterai les résultats de l’étude de la coévolution avec des EGMs, aux différentes hypothèses. Ce projet apportera de précieux éléments de réponse au débat sur l’histoire évolutive des Archées et de leurs EGMs, ainsi que sur leur relation avec les Eucaryotes.

 

Ce projet, financé par le Conseil Européen de la Recherche (ERC – EVOMOBIL) porte sur la reconstruction de l’histoire de la coévolution des EGMs et de leurs hôtes cellulaires chez les Archées, en comparant l’histoire évolutive des EGMs à celle de leur hôte Archées. Différentes revues suggèrent, en effet, qu’il existe une plus grande variété de plasmides et de virus au sein des Archées que dans les autres domaines du vivant. Dans le cadre du projet EVOMOBIL, nous voulons comprendre; comment l’évolution des Archées a pu être influencée par les EGMs ou encore, quelles sont les directions des flux de gènes entre les EGMs et leurs hôtes ? Le but est de quantifier et de distinguer les évolutions verticales (qui suivent l’histoire des Archées) et horizontales (issues de transfert inter-branches). De façon intéressante, les EGMs peuvent également, dans le cas de transmission verticale, être des marqueurs permettant de positionner phylogénétiquement leur hôte cellulaire.

Projets

CV

La majorité des études évolutives d’EGMs portent principalement sur la construction de phylogénies et leur impact au niveau du genre et des espèces. J’ai été recruté pour ce projet sur la base de mes compétences en bioinformatique et mes connaissances sur l’étude d’EGMs réalisé précédemment au sein du genre bactérien streptocoques. L’étude de l’évolution des EGMs est ambitieuse, et très complexe : les EGMs ont des organisations modulaires, et chaque module évolue par recombinaison et fusion. La reconstruction de l’histoire des EGMs nécessite de faire l’histoire des différents modules.

La majorité des études évolutives d’EGMs portent principalement sur la construction de phylogénies et leur impact au niveau du genre et des espèces. J’ai été recruté pour ce projet sur la base de mes compétences en bioinformatique et mes connaissances sur l’étude d’EGMs réalisé précédemment au sein du genre bactérien streptocoques. L’étude de l’évolution des EGMs est ambitieuse, et très complexe : les EGMs ont des organisations modulaires, et chaque module évolue par recombinaison et fusion. La reconstruction de l’histoire des EGMs nécessite de faire l’histoire des différents modules.

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