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Présentation

Robin Chalumeau a commencé sa thèse en septembre 2018, avec le support du programme INCEPTION sous la supervision de Jean Christophe Olivo-Marin, directeur de l’unité d’analyse d’images biologiques, et de Jost Enninga, directeur de l’unité de la dynamique des interactions hôte-pathogène. Le but de ce projet est de développer une nouvelle génération de microscopie à illumination structurée, capable de fournir à la fois une bonne résolution spatiale et temporelle. Un tel procédé d’imagerie permettrait de mieux comprendre certains mécanismes cellulaires comme intrusion de la Shigelle dans les cellules épithéliales.

La microscopie à illumination structurée est une méthode de microscopie qui suscite un intérêt croissant depuis sa découverte dans les années 2000 car il s’agit d’une méthode d’imagerie de super-résolution dynamique et plein champ qui ne détériore pas les échantillons observés. Cette méthode consiste à illuminer l’échantillon avec une séquence de motifs complémentaires. Les images mesurées doivent ensuite être recombinées par un algorithme pour obtenir une image de résolution deux fois supérieure. La séquence de motifs d’illumination était originellement constituée de 9 grilles sinusoïdales, d’une part pour sa simplicité théorique puisqu’elle conduit à un problème inverse bien posé et d’autre part car elle est techniquement facile à fabriquer. Depuis, de nouveaux composants optiques plus polyvalents ont été développés et industrialisés, rendant possible l’utilisation d’une plus grande variété de motifs d’illumination et ouvrant ainsi la voie à de nouvelles pistes de recherche. Le but de ma thèse est d’optimiser au maximum les performances de l’imagerie SIM, en améliorant la résolution temporelle sans perdre de résolution spatiale.