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Cours

09:00
18
Feb 2019
Cours

Introduction à la phylogénie moléculaire

Ce cours d’introduction à la phylogénie a pour objectif d’apporter les connaissances théoriques et les bonnes pratiques d’analyse de données par les logiciels de phylogénie. Il est ouvert aux formations doctorales et aux professionnels […]
Bioinformatique évolutive
Bioinformatics and Biostatistics HUB
Centre de Bioinformatique, Biostatistique et Biologie Intégrative
Biologie Computationnelle
Catherine Dauga
Frédéric LEMOINE
Olivier Gascuel
Anna Zhukova
Alexis Criscuolo
Julien Guglielmini
2019-02-18 09:00:00 2019-02-22 17:00:00 Europe/Paris Introduction à la phylogénie moléculaire Ce cours d’introduction à la phylogénie a pour objectif d’apporter les connaissances théoriques et les bonnes pratiques d’analyse de données par les logiciels de phylogénie. Il est ouvert aux formations doctorales et aux professionnels […] 28 Rue du Dr Roux, Paris, France
09:30
18
Dec 2017
Cours

INTRODUCTION À LA PHYLOGÉNIE MOLÉCULAIRE : CONCEPTS, METHODES ET OUTILS

Nous proposons une formation classique à la phylogénie moléculaire avec des cours théoriques portant sur les trois méthodes de construction d’arbres phylogénétiques : distance, parcimonie et maximum de vraisemblance. Nous expliquerons les concepts généraux […]
Bioinformatique évolutive
Bioinformatics and Biostatistics HUB
Olivier Gascuel
Frédéric LEMOINE
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2017-12-18 09:30:00 2017-12-22 17:30:00 Europe/Paris INTRODUCTION À LA PHYLOGÉNIE MOLÉCULAIRE : CONCEPTS, METHODES ET OUTILS Nous proposons une formation classique à la phylogénie moléculaire avec des cours théoriques portant sur les trois méthodes de construction d’arbres phylogénétiques : distance, parcimonie et maximum de vraisemblance. Nous expliquerons les concepts généraux […] 25-28 Rue du Dr Roux, 75015 Paris, France
08:00
22
Oct 2018
Cours

C3BI Course: Introduction to Molecular Phylogenetics – Hong Kong 2018

General Information: This introductory course aims to give the basic theoretical and practical concepts, best practices, and software necessary to start working on molecular phylogenetics and its applications to epidemiology. The course will have […]
Bioinformatics and Biostatistics HUB
Bioinformatique évolutive
Pôle de Recherche Université de Hong Kong-Pasteur
Olivier Gascuel
Anna Zhukova
Frédéric LEMOINE
Julien Guglielmini
Sebastian Duchene
2018-10-22 08:00:00 2018-10-27 19:00:00 Europe/Paris C3BI Course: Introduction to Molecular Phylogenetics – Hong Kong 2018 General Information: This introductory course aims to give the basic theoretical and practical concepts, best practices, and software necessary to start working on molecular phylogenetics and its applications to epidemiology. The course will have […] HKU-Pasteur Research Pole HKJC Building for Interdisciplinary Research 5 Sassoon Road, Pokfulam, Hong Kong

Projets

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The phylodynamics of partner notification and contact tracing in HIV epidemics

Olivier Gascuel (PI)

We develop phylodynamics models and methods to study viral epidemics, in particular HIV. This new, trendy domain is in between usual mathematical epidemiology, typically based on compartment models, and phylogenetics. The models used in […]
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Renewing Felsenstein’s phylogenetic bootstrap.

Olivier Gascuel (PI)

The phylogenetic bootstrap was proposed by Joseph Felsenstein more than 30 years ago. This method, based on resampling and replications, is used extensively to assess the robustness of phylogenetic inferences. Its usefulness, simplicity and […]
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PastML: A Fast Likelihood Method to Reconstruct and Visualize Ancestral Scenarios

Olivier Gascuel (PI)

The reconstruction of ancestral scenarios is widely used to study the evolution of characters along a phylogenetic tree, for example to infer ancestral molecular characters and their changes in time, or in phylogeography to […]
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Modelling the emergence and transmission of HIV-1 drug resistance mutations

Olivier Gascuel (PI)

Drug resistance mutations (DRM) emerge in HIV-1 viruses through selective pressure during antiviral treatment (ART). Acquired drug resistance rates vary depending on duration of ART and type of prescribed regimen. Drug resistance can then […]
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Virogenesis

Olivier Gascuel (PI)

Virus discovery and epidemic tracing from high throughput metagenomic sequencing VIROGENESIS is a research project under the EC H2020 framework (2015-2018), that will develop bioinformatics software applications to fully exploit the potential of high-throughput Next-Generation-Sequencing […]
project
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5 Membres

NGPhylogeny.fr

Olivier Gascuel (PI)

New Generation Phylogeny.fr: Refactoring Phylogeny.fr for innovative phylogenetic services Phylogeny.fr is one of the main server available today able to run phylogenetic analysis pipelines. In the context of scientific workflows, none of the workflow […]
project
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21 Membres

Protected: Pasteur Human Genome

Thomas Bourgeron (PI)

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Logiciel

software
En cours
3 Membres

NGPhylogeny.fr

Olivier Gascuel (PI)

Free, simple to use web service dedicated to reconstructing and analyzing phylogenetic relationships between molecular sequences.
software
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3 Membres

PastML

Olivier Gascuel (PI)

PastML is a tool for ancestral character reconstruction on phylogenetic trees. The reconstruction of ancestral scenarios is widely used to study the evolution of characters along a phylogenetic tree, for example to infer ancestral […]
software
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2 Membres

Booster

Olivier Gascuel (PI)

BOOSTER is an alternative method for calculating the branch supports of phylogenetic trees, using the bootstrap. With large trees and moderate phylogenetic signal, BOOSTER tends to be more informative than the standard Felsenstein bootstrap […]

Publications

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