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Emploi

Ingénieur·e de recherche expert·e en phylogénomique (H/F) – CDD 1 an

Domaines Scientifiques
Maladies
Organismes
Applications
Technique
Date limite pour l'application
06
Apr 2022
2022-04-06 8:00:00 2022-04-06 18:00:00 Europe/Paris Ingénieur·e de recherche expert·e en phylogénomique (H/F) – CDD 1 an English version at the end   Le Hub de Bioinformatique et de Biostatistique a été créé en 2015 pour apporter un soutien aux Unités et Plateformes de l’Institut Pasteur dans ses activités. Le Hub […] "25-28 rue du Dr. Roux, 75015, Paris" Christophe Malabat christophe.malabat@pasteur.fr

English version at the end

 

Le Hub de Bioinformatique et de Biostatistique a été créé en 2015 pour apporter un soutien aux Unités et Plateformes de l’Institut Pasteur dans ses activités. Le Hub assure cette mission par le biais de :

  • Collaborations sur des projets scientifiques soumis par les équipes de recherche de l’Institut,
  • Formations dédiées pour le personnel de l’Institut Pasteur de Paris ou des autres Instituts Pasteur du réseau,
  • Développements d’outils et d’applications à destination de la communauté scientifique,
  • Interactions directes sous la forme de questions simples.

Dans ce cadre, et afin de renforcer le groupe “Genome Informatics & Phylogenetics” (GIPhy), le Hub recrute un·e ingénieur·e de recherche expert·e en phylogénomique, pour permettre la prise en charge des demandes croissantes en bioanalyse.

Le poste proposé est un CDD de 12 mois, mais qui pourra être transformé en CDI.

Missions :

La mission principale est d’apporter un soutien aux Unités de recherche et Plateformes de l’Institut Pasteur dans des domaines variés de la recherche biomédicale. Ce soutien prendra plusieurs formes :

  • collaborer sur des projets d’analyse soumis au Hub de Bioinformatique et Biostatistique,
  • conseiller et guider dans l’utilisation de méthodes et outils d’analyse existants,
  • maintenir une veille bibliographique active et évaluer les outils et méthodes publiés,
  • développer lorsque nécessaire des méthodes et outils d’analyse nouveaux,
  • participer à l’élaboration et la mise en œuvre de projets collaboratifs de type ANR,
  • assurer le transfert d’outils et de compétences vers les Unités et Plateformes,
  • assurer des formations en biostatistique et bioinformatique,
  • interagir avec le Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP, 33 instituts dans le monde entier), en particulier pour la mise en place de formations et l’analyse de données.

Compétences requises :

La·e candidat·e devra justifier une grande partie des compétences suivantes :

  • Expérience avancée dans l’analyse de données de séquençage génomique, e.g. prétraitements de données de séquençage haut-débit, assemblage/finishing/annotation de génomes, création et analyse de “mapping”,
  • Expérience avancée en analyse phylogénétique à large échelle, e.g. construction de matrices de caractères à l’échelle génomique (“multi-gene dataset”, “SNP matrix”), construction et exploration d’arbres à partir de génomes,
  • Expérience avancée dans le domaine de la systématique, e.g. inférences phylogénétiques à différents rangs taxonomiques (sous-espèces, espèces, genres, …, règnes, domaines), détermination de nouvelles espèces/genres prokaryotes,
  • Solides connaissances des méthodes et algorithmes rapides de reconstruction phylogénétique, e.g. approches basées sur les distances évolutives, outils d’optimisation du critère de Maximum de Vraisemblance,
  • Excellente maîtrise du “scripting” Shell sous Linux, e.g. Bash avancé, AWK,
  • Expérience dans le développement logiciel pour la recherche scientifique,
  • Capacités rédactionnelles avérées et maîtrise du français.

Compétences appréciées :

L’ingénieur·e ayant vocation à analyser des données en partie issues de méthodes diverses, les connaissances suivantes peuvent constituer des atouts :

  • Expérience ou bonne connaissance du traitement de données issues des technologies de séquençage “long read”,
  • Bonne connaissance des techniques d’inférence et de traitement des alignements de séquences (“pairwise” et multiple),
  • Bonne connaissance des techniques d’exploration de banques de séquences, e.g. BLAST avancé, HMMER, Mash, MMseqs,
  • Expérience dans les domaines de la déclaration de nouvelles espèces et de leur validation par les comités internationaux.

Qualités attendues :

  • Capacité à travailler en équipe
  • Goût pour le travail en collaboration
  • Rigueur et méthode
  • Force de proposition et prise d’initiative
  • Adaptabilité
  • Qualités relationnelles
  • Motivation à se former sur de nouvelles méthodes
  • Autonomie
  • Sens du service

Profil :

Doctorat biostatistiques ou bioinformatique avec au moins 2 ans d’expérience   //   Bac+5 avec 3 ans d’expérience.

Le Hub et l’Institut Pasteur s’engagent à promouvoir la parité, toutes les candidatures sont les bienvenues, sans distinction de genre ou d’origine.

Pour candidater :

Cliquer sur le lien suivant et sélectionner le profil « Phylogénomique » lorsqu’il sera proposé :

https://hub-jobs2022.pasteur.cloud

Vous aurez besoin d’un CV à jour, et d’une lettre de motivation. Vous pourrez ajouter les adresses email de référents (trois maximum) que nous contacterons automatiquement lors du dépôt de votre candidature.

Contact :

Les demandes de renseignements peuvent être adressées à Christophe Malabat (christophe.malabat (at) pasteur.fr) et Alexis Criscuolo (alexis.criscuolo (at) pasteur.fr).

 


 

English version

The Bioinformatics and Biostatistics Hub was created in 2015 in order to provide analytical support to research units and platforms at the Institut Pasteur. The Hub is committed to this mission through:

  • Collaborating on scientific projects, submitted by research teams of our institute, to the Hub,
  • Training scientific staff from the Institut Pasteur Paris or from other institutes of the international network of Institut Pasteur,
  • Developing tools and applications to be shared with the broader scientific community,
  • Interacting directly with scientist upon specific inquiries.

The Hub is hiring a research engineer expert in phylogenomics to consolidate its team “Genome Informatics & Phylogenetics” (GIPhy) in this field, in response to increasing needs in data analysis.

Assignments:

Our main role is to provide support to research units and platforms of the Institut Pasteur with data analysis and bioinformatics, in various fields of biomedical research. This is achieved through:

  • collaborating on analysis projects that are submitted to the Hub of Bioinformatics and Biostatistics;
  • advising and providing guidance on the use of existing analytical tools and methods;
  • keeping up to date with the latest methods and possibly benchmarking them;
  • developing new analytical tools and methods, when needed;
  • taking part to grant writing and project deployment;
  • transferring skills and tools to research units and platforms;
  • sharing knowledge, through training sessions in Biostatistics and Bioinformatics, notably;
  • interacting with the International Network of Institut Pasteur (33 institutes worldwide) especially in organizing training sessions and analyzing data.

Essential expertise:

The candidate will justify most of the following skills:

  • Proven experience in the analysis of whole genome sequencing data, e.g. preprocessing of high-throughput sequencing (HTS) data, genome assembling/finishing/annotation, inferring and analyzing HTS read mapping,
  • Proven experience in large-scale phylogenetic inference, e.g. building (super)matrices of characters at the genome scale (multi-gene dataset, SNP matrix), tree reconstruction and exploration from genomes,
  • Proven experience in systematics, e.g. phylogenetic inference at various taxonomic ranks (subspecies, species, genera, …, kingdoms, domains), determining new prokaryote species/genus,
  • Strong background in fast methods and algorithms for phylogenetic inference, e.g. distance-based methods, Maximum Likelihood tools,
  • Proficiency in Linux Shell scripting, e.g. advanced Bash, AWK,
  • Experience in scientific tool/program development,
  • Proven drafting skills and very good command of French.

Welcome but not required:

As the engineer will have to analyze data coming from various sources, the following expertise would be an asset:

  • Experience or knowledge of data analysis coming from long read sequencing technologies,
  • Good knowledge in building and processing pairwise and multiple sequence alignments,
  • Experience in mining large sequence databanks, e.g. advanced BLAST, HMMER, Mash, MMseqs,
  • Experience in proposing and validating new species.

Expected soft skills:

  • Ability to work in a team (teamwork skills);
  • Sense of collaborative work;
  • Thoroughness and organising skills;
  • Great sense of initiative and anticipation;
  • Adaptiveness;
  • Communication skills;
  • Willingness to continuously learn new methods;
  • Self-reliance / autonomy;
  • Endeavor to solving issues and sense of service activities.

Education:

PhD in Bioinformatics or Biostatistics followed by 2 years of professional experience   //   Master2 degree followed by 3 years of professional experience.

The Hub and the Institut Pasteur are committed to promote parity; all applications are welcome without distinction of gender or origin.

To apply:

Click on the following link and select the corresponding profile “Phylogenomics” when this will be proposed:

https://hub-jobs2022.pasteur.cloud

Please, submit your updated CV and a cover letter (motivational letter). You will be able to indicate contact information for reference letters (3 max.). They will be automatically contacted as soon as you validate your application.

Contact:

Informal inquiries about this position may be addressed to Christophe Malabat (christophe.malabat (at) pasteur.fr) and Alexis Criscuolo (alexis.criscuolo (at) pasteur.fr).