CDD -18 mois – A pourvoir à partir de juillet 2023
Description du poste
Dans le cadre de la surveillance épidémiologique des bactéries pathogènes et de l’harmonisation des taxonomies génomiques des souches bactériennes, nous recherchons un data manager, dont le rôle sera de contribuer à la curation des données intégrées à la plateforme de librairies génomiques BIGSdb-Pasteur, et d’aider à les analyser et à valoriser. Nous proposons un contrat de 18 mois, éventuellement extensible ; le poste est disponible à partir de juillet 2023.
Mission/Activités
Sous la supervision directe de coordinateurs du projet BIGSdb-Pasteur (Sylvain Brisse et Federica Palma) et en interaction avec les autres membres de l’équipe, le Data Manager sera responsable des tâches suivantes :
– Curation des données : interaction avec les fournisseurs de données, contrôles de qualité, intégration des données.
– Échange de données avec d’autres plateformes d’épidémiologie génomique telles que pathogenwatch.
– Mise en place et configuration de la base de données : définition des champs et des schémas de génotypage personnalisés.
– Mise à jour des procédures de gestion des données et élaboration de lignes directrices sur les meilleures pratiques.
– Analyse des données à l’aide d’outils bioinformatiques avancés.
– Contrôles la littérature scientifique pour les isolats importés dans la base de données.
– Contribution à la diffusion des taxonomies génomiques hébergées dans BIGSdb-Pasteur.
Profil
Qualification minimale : Master, ingénieur ou expérience équivalente, avec des compétences en gestion de données et en bio-informatique.
– Connaissance des langages de programmation et des systèmes de base de données ;
– Compétences dans le traitement de grands jeux de données (scripting ou automatisation) ;
– Capacité à travailler en équipe et à communiquer sur l’avancement des tâches ;
– Capacité à communiquer, à échanger avec des collègues en microbiologie et en santé publique ;
– A l’aise dans un environnement international et multiculturel ;
– Idéalement, déjà familiarisé avec le vocabulaire de l’épidémiologie génomique ;
– Une expérience préalable n’est pas requise.
L’environnement
L’équipe BIGSdb-Pasteur développe et maintien des librairies génomiques de génotypes bactériens et des nomenclatures de souches qui facilitent la surveillance collaborative globale et la biologie des populations de pathogènes bactériens. L’équipe comprend des bioinformaticiens chargés du développement des logiciels et de l’analyse des données, des informaticiens qui gèrent le serveur de base de données et l’infrastructure, et des microbiologistes impliqués dans des activités de santé publique (surveillance génomique des pathogènes bactériens). L’équipe BIGSdb-Pasteur est supervisée par l’unité de recherche BEBP et coordonnée par le CRBIP-PMO. Le poste sera hébergé au CRBIP-PMO sous la supervision de Federica Palma.
L’unité Biodiversité et épidémiologie des bactéries pathogènes (BEBP) est un laboratoire de recherche axé sur la diversité, l’évolution et l’épidémiologie des bactéries pathogènes d’une grande importance pour la santé publique, y compris l’agent pathogène multirésistant Klebsiella pneumoniae, qui constitue une priorité mondiale.
Le Centre de ressources biologiques de l’Institut Pasteur (CRBIP) est le centre de recherche de l’Institut Pasteur et inclue le bureau de Gestion de Projets (CRBIP-PMO) qui couvre un rôle transversal de gestion de projets – autres que les projets de recherche internes – liés à la valorisation, la qualité, l’optimisation des processus transversaux, la communication et les relations avec les utilisateurs.