Search anything and hit enter
  • Teams
  • Members
  • Projects
  • Events
  • Calls
  • Jobs
  • publications
  • Software
  • Tools
  • Network
  • Equipment

A little guide for advanced search:

  • Tip 1. You can use quotes "" to search for an exact expression.
    Example: "cell division"
  • Tip 2. You can use + symbol to restrict results containing all words.
    Example: +cell +stem
  • Tip 3. You can use + and - symbols to force inclusion or exclusion of specific words.
    Example: +cell -stem
e.g. searching for members in projects tagged cancer
Search for
Count
IN
OUT
Content 1
  • member
  • team
  • department
  • center
  • program_project
  • nrc
  • whocc
  • project
  • software
  • tool
  • patent
  • Administrative Staff
  • Assistant Professor
  • Associate Professor
  • Clinical Research Assistant
  • Department Manager
  • Full Professor
  • Graduate Student
  • Lab assistant
  • Non-permanent Researcher
  • Permanent Researcher
  • Pharmacist
  • PhD Student
  • Physician
  • Post-doc
  • Project Manager
  • Research Associate
  • Research Engineer
  • Retired scientist
  • Technician
  • Undergraduate Student
  • Veterinary
  • Visiting Scientist
  • Deputy Director of Center
  • Deputy Director of Department
  • Deputy Director of National Reference Center
  • Deputy Head of Facility
  • Director of Center
  • Director of Department
  • Director of Institute
  • Director of National Reference Center
  • Group Leader
  • Head of Facility
  • Head of Operations
  • Head of Structure
  • Honorary President of the Departement
  • Labex Coordinator
Content 2
  • member
  • team
  • department
  • center
  • program_project
  • nrc
  • whocc
  • project
  • software
  • tool
  • patent
  • Administrative Staff
  • Assistant Professor
  • Associate Professor
  • Clinical Research Assistant
  • Department Manager
  • Full Professor
  • Graduate Student
  • Lab assistant
  • Non-permanent Researcher
  • Permanent Researcher
  • Pharmacist
  • PhD Student
  • Physician
  • Post-doc
  • Project Manager
  • Research Associate
  • Research Engineer
  • Retired scientist
  • Technician
  • Undergraduate Student
  • Veterinary
  • Visiting Scientist
  • Deputy Director of Center
  • Deputy Director of Department
  • Deputy Director of National Reference Center
  • Deputy Head of Facility
  • Director of Center
  • Director of Department
  • Director of Institute
  • Director of National Reference Center
  • Group Leader
  • Head of Facility
  • Head of Operations
  • Head of Structure
  • Honorary President of the Departement
  • Labex Coordinator
Search
Go back
Scroll to top
Share
© Research
Job

Master 2 internship: Statistical tools and machine learning algorithms for infectious disease surveillance

Scientific Fields
Diseases
Organisms
Applications
Technique
Application Deadline
08
Oct 2021
2021-10-08 8:00:00 2021-10-08 18:00:00 Europe/Paris Master 2 internship: Statistical tools and machine learning algorithms for infectious disease surveillance Statistical tools and machine learning algorithms for infectious disease surveillance Presentation of the laboratory The Infectious Diseases Epidemiology and Analytics (IDEA) G5 Unit directed by Michael White undertakes research on the epidemiology of infectious […] "25-28 rue du Dr. Roux, 75015, Paris" Michael White michael.white@pasteur.fr

Statistical tools and machine learning algorithms for infectious disease surveillance

Presentation of the laboratory

The Infectious Diseases Epidemiology and Analytics (IDEA) G5 Unit directed by Michael White undertakes research on the epidemiology of infectious diseases such as malaria and neglected tropical diseases. The team is composed of biologists and epidemiologists who use inter-disciplinary research methods to combine data generated from cutting edge laboratory tools with mathematical and statistical models. This approach allows for a better understanding of factors that determine the transmission of infectious diseases, their immunity, and the development of new tools for improved surveillance.

Since March 2020, the team has benefited from previous expertise in the sero-epidemiology of malaria to open a new research axis focused on the COVID-19 epidemic. A multiplex serological assay that simultaneously measures the level of antibodies to several SARS-CoV-2 antigens in a single sample was developed. By combining this assay with machine learning classicification algorithms and mathematical models of antibody kinetics, we can estimate population-level sero-prevalence with excellent sensitivity and specificity and provide serological reconstructions of past epidemics (Rosado J et al., Lancet Microbe 2020, Pelleau S et al., JID, 2021).

Subject of the project

The candidate will participate in the next phase of the project which will consist of combining our serological tests for malaria and SARS-CoV-2 with new tests for vaccine preventable diseases (measles, mumps, rubella, influenza) and other infectious diseases. The candidate will develop new mathematical models and machine learning algorithms for the implementation of integrated serological surveillance of multiple infectious diseases.

Prerequisites

We are looking for an enthusiastic student, with research experience of working with mathematical and/or statistical models, a strong interest in infectious disease epidemiology, knowledge of a statistical programming language (preferably R), and ability to collate and analyse data.

At the end of the project, the student will have interacted with laboratory scientists and epidemiologists and will gain experience in statistical methods for infectious disease surveillance.

Period. Ideally from January 2022 for a period of 6 months, according to the schedule of the Masters.

Remuneration. Legally required numeration.

Location. Institut Pasteur, 25-28 rue du Dr Roux, 75015 Paris.

Candidature : Please send a CV and a letter of motivation to michael.white@pasteur.fr and tom.woudenberg@pasteur.fr.

 

Outils statistiques et algorithmes d’apprentissage automatique pour la surveillance des maladies infectieuses

Présentation du laboratoire

Le groupe à 5 ans « Infectious Diseases Epidemiology and Analytics (IDEA) » dirigé par Michael White mène des travaux de recherche sur l’épidémiologie des maladies infectieuses telles que le paludisme et les maladies tropicales négligées. L’équipe est composée de biologistes et d’épidémiologistes dont la complémentarité permet à la fois d’exploiter des données biologiques par des outils analytiques avancés et de développer des modèles épidémiologiques originaux intégrant des données biologiques d’intérêt, en particulier sérologiques. Les deux approches concourent à une meilleure compréhension des facteurs clés de la transmission des maladies infectieuses, de leur immunité, et en retour au développement d’outils devant améliorer la surveillance et la lutte.

Depuis mars 2020, le laboratoire a mis à profit son expertise en séro-épidémiologie pour ouvrir un nouvel axe de recherche consacré à l’épidémie de COVID-19. Un test sérologique permettant de mesurer les taux d’anticorps dirigés contre plusieurs antigènes du SARS-CoV-2 simultanément sur un même échantillon (multiplex) a été mis au point. Combinée à des algorithmes de classification reposant sur les approches du type machine learning, et sur une modélisation de la cinétique des anticorps, cette approche permet de caractériser la séroprévalence avec une excellente sensibilité et spécificité dans une population donnée et de reconstruire les profils épidémiques (Rosado J et al., Lancet Microbe 2020, Pelleau S et al., JID, 2021).

Sujet de stage

Le candidat participera à la prochaine phase du projet qui consistere à combiner nos tests sérologiques pour le paludisme et le SRAS-CoV-2 avec de nouveaux tests pour les maladies évitables par la vaccination (rougeole, oreillons, rubéole, grippe) et plusieurs autres maladies infectieuses. Le candidat développera de nouveaux modèles mathématiques et algorithmes d’apprentissage automatique pour la surveillance sérologique intégrée de plusieurs maladies infectieuses.

Pré-requis : nous recherchons un étudiant enthousiaste, avec une expérience de recherche de travail avec des modèles mathématiques et/ou statistiques, un fort intérêt pour l’épidémiologie des maladies infectieuses, la connaissance d’un langage de programmation statistique (de préférence R) et la capacité de rassembler et d’analyser des données.

A l’issue du stage, l’étudiant aura travaillé avec des scientifiques de laboratoire et des épidémiologistes et acquerra une expérience des méthodes statistiques pour la surveillance des maladies infectieuses.

Période : Idéalement à partir de janvier 2022 pour une période de 6 mois, selon le calendrier du Master.

Rémunération : gratification légale.

Lieu du stage : Institut Pasteur, 25-28 rue du Dr Roux, 75015 Paris.

Candidature : merci d’envoyer CV et lettre de motivation à michael.white@pasteur.fr et tom.woudenberg@pasteur.fr.